TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html 在这个R包中,提供了丰富的函数,这里只展示常用的几种 ...
TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https:///packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html 在这个R包中,提供了丰富的函数,这里只展示常用的几种 1. 插入片段长度分布图 通过fragSi...
使用ATACseqQC进行质控 查看原文 自己动手计算TSS Enrichment score 欢迎关注”生信修炼手册”! Encode将TSSEnrichmentscore作为ATAC文库质控的一个指标,不同的参考基因组注释文件,对应的阈值也不同,示意如下所谓...脚本的用法如下该脚本计算TSSEnrichmentscore, 并绘制TSS两侧read的分布图。相比deeptools,在计算coverage的...
使用ATACseqQC进行质控 除了测序数据量和质量外,ATAC文库还有一些独有的QC指标,比如以下几个指标 插入片段长度分布图 TSS位点两侧reads分布图 TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下...
为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html 在这个R包中,提供了丰富的函数,这里只展示常用的几种 1. 插入片段长度分布图 通过fragSizeDist...