ATAC-Seq技术本身也会随着其它技术的不断发展而得到新的应用,比如将单细胞测序技术与其相结合的scATAC-Seq,是ATAC-Seq现阶段一个新的进展。 使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另...
相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
因其能够提供全基因组范围内染色质状态的视图,ATAC-seq技术在表观遗传学、转录调控和细胞命运决定等领域得到了广泛应用。研究人员可以利用ATAC-seq更深入地理解基因表达的调控机制,以及在不同生物学条件或发育阶段下染色质状态的变化。随着技术的发展,ATAC-seq也在植物学研究中被用于分析植物生长和发育过程中染色质开放...
通过这些优势,ATAC-seq成为了研究基因表观遗传学的一项强大工具,为科学家们提供了深入理解生物体基因调控机制的可能。 三、ATAC-seq应用场景 ATAC-seq的应用领域非常广泛,其核心优势在于能够在不需要大量细胞样本的情况下,快速、高效地提供全基因组水平的染色质可及性信息。这使得ATAC-seq成为连接遗传变异、表观遗传修...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术，它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针，切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)（图2）。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下，从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
ATAC-seq能够检测到微弱的信号,有助于发现低丰度的调控元件。 操作简便 相比于其他染色质开放性分析技术,ATAC-seq的操作流程更为简便快捷,大大缩短了实验时间。 ATAC-seq作为一种新兴的表观遗传学研究工具,以其对样本要求低、高通量、高灵敏度和操作简便的特点,为科研人员提供了一个强有力的工具来探索染色质开放...
当前,由于ATAC-seq普遍使用Illumina的Nextera文库,Nextera测序接头比例过高,进行准确的read比对前需将接头删除。目前,去除接头的工具大多采用不同的动态编程,包括 cutadapt,AdapterRemoval v2 ,Skewer和trimmomatic,它们都需要输入已知的接头序列。Trim-galore,fastp可以自动识别序头序列。对于Nextera和Truseq文库使用trimmomatic...
ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性的方法。与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来，ATAC-seq操作简单，重复性好，实验只需要很少的起始细胞/组织量（＜50000个细胞），信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不...