有许多方法可用于从 ATACseq 数据中调用无核小体区域,其中许多方法借鉴自ChIPseq分析。一种非常流行且标准的 ATACseq 峰值调用程序是 MAC2。 2.1. 单端数据 使用ATACseq 的单端测序,我们不知道片段有多长。因此,与 ChIPseq 相比,要识别开放区域,MACS2峰值调用需要一些不同的参数。采用的一种策略是将读取 5' 末...
概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; 一般单细胞染色质可及性分析。Cicero还扩展了软件包Monocle 允许使用单细胞染色质可及性数据识别差异可及性、聚类、可视...
与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个工作流函数,它将通过 BAM 文件路径的单个参数获取大部分所需的 QC。由于这可能会占用大量内存,因此我只是在一个 BAM 文件中对其进行说明,该文件仅包含 ATACseq 数据的 17 号染色体读数。 代码语言:text AI代码解释 library(ATACseqQC) ATACQC <- bamQC("~/Downloads...
在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(〜200, 400,600碱基对)。 ii. NFR的片段...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
1.2.载入10X ATAC-seq 数据 如果您的scATAC-seq数据来自10xgenomic平台,这里有一个从Cell Ranger ATAC输出创建输入CDS的示例。感兴趣的输出将在filtered_peak_bc_matrix文件夹中。 #读入稀疏矩阵格式的文件indata <- Matrix::readMM("filte...
ATAC-seq分析干货 ATAC-seq技术由于其要求细胞量少,实验简单、快速、高效且应用范围广,是近年来转录调控、表观遗传修饰研究的一项重要的技术手段。近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升,可见ATAC-seq的火爆程度。现在,如果你还不了解ATAC,还不抓紧学起来!今天我们先来学习一下ATAC-seq相关的背景介绍。
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
ATAC-seq，即通过测序来检测转座酶可及染色质，是一种新颖的全基因组染色质开放区域研究技术。相较于传统方法，ATAC-seq在操作简便、无需交联、信噪比高、对样品量要求低等方面具有显著优势。众多实验室开始将ATAC-seq与RNA-seq及表观遗传学数据结合，以实现更准确的基因差异表达与调控关系分析。ATAC-seq...