ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色...
在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(〜200, 400,600碱基对)。 ii. NFR的片段...
本篇文章中,作者利用ATAC-seq检测人a和β细胞中开放的染色质区域。将这些开放性染色质图谱与已分类的人类α和β细胞的mRNA-seq数据进行关联,以识别可能负责调控细胞类型特异性表达特征基因的顺式调控元件。 ATAC-seq和CUT&Tag联合分析 ATAC-seq和CUT&Tag联合分析,可以对ATAC-seq得到的一些转录因子结合区进行验证。从...
ATAC-seq分析的第二步是识别染色质开放区域,即Peak Calling。许多分析ChIP-seq数据的Peak Calling软件可用于ATAC-seq数据,而ENCODE选择MACS2作为ATAC-seq的标准Peak Calling软件。 与ChIP-seq不同的是,由于Tn5酶切割的随机性和成本原因,ATAC-seq没有Input数据作为对照,...
ATAC-seq分析干货 ATAC-seq技术由于其要求细胞量少,实验简单、快速、高效且应用范围广,是近年来转录调控、表观遗传修饰研究的一项重要的技术手段。近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升,可见ATAC-seq的火爆程度。现在,如果你还不了解ATAC,还不抓紧学起来!今天我们先来学习一下ATAC-seq相关的背景介绍。
ATAC-Seq 基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术(ATAC-seq)是一种新的表观遗传学技术,是一种利用转座酶(改造后Tn5转座酶)来研究全基因组范围内染色质开放性的方法。ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenl...
转录组分析显示Clock表达敲降后产生2054个差异表达基因(DEGs),DAP-Seq鉴定出150,807个Clock调控基因,其中5273个位于启动子区域。联合分析发现两个数据集存在201个重叠基因,其中98个在公共数据库中获得注释。这98个基因在热胁迫下的长牡蛎和近江牡蛎中呈现显著差异表达模式,可能受Clock调控,表明其参与热应激响应分子调控...
文章总结:在本研究中,作者生成并分析了来自成人肾皮质和髓质的基因表达(RNA-seq)、染色质可及性(ATAC-seq)、染色质构象(Hi-C)和空间转录组数据。作者使用精心注释的样本来重新分配在公共GTEx项目中错误标记的样本,并提取有意义的髓质基因表达特征。通过对基因表达、染色质可及性和构象谱的综合分析,我们发现了髓质...
对于ATACseq 分析,我们需要一些参考数据。 fasta 格式的参考基因组——我们将从 BSGenome Bioconductor 注释包中检索。 基因模型——我们将从 TxDb Bioconductor 注释包中检索这些模型。 Blacklists 特定于基因组的区域。这些可以在此处的 ENCODE 门户中找到 6. 已处理数据 我们从以下链接中的公共测序数据开始,并使用 ...
ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 代码语言:text BiocManager::install("ATACseqQC") 与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个工作流函数,它将通过...