ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin high throughput sequencing)是一种高通量的分子生物学技术,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色体上的开放染色质区域即染色质可及性。 原理:利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
atac-seq原理 ATAC-seq原理: 利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。 1、DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。DNA的复制和转录都需要将染色质紧密结构打开,从而允许调控因子结合DNA。这部分被打开的染色质,就叫开放染色质区域(Open Chromation ...
Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶,常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理,可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。 Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
这表明ATAC-Seq方法在所需样品数量方面比那些较旧的方法有了显著改进。 此外,由于转座酶仅将NGS接头添加到开放的DNA中,因此ATAC-Seq具有另一个好处:它还可用于生成核小体位置以及转录因子结合的高分辨率图谱。相对较短的两步操作方案表明ATAC-Seq也有潜力用于从临床样品中生成个人表观遗传概况。
01 ATAC-seq 原理介绍 染色体结构 人类基因组DNA直线长度接近2m,而细胞的平均直径一般在几十微米,要保证DNA的复制和基因表达调控能够准确、高效的进行,需要将细胞核中的DNA经过多个水平高度有序的包装。 2个H3-H4二聚体和2个H2A-H2B二聚体形成约11nm的组蛋白八聚体,DNA缠绕其上形成核小体,每个核小体上大约含...
ATAC-seq技术原理(2013年开始) ATAC-seq技术简介 ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那什么是ATAC-seq技术呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。 真核生物的DNA并不是裸露的, 由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上...
在生物学研究中,ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种强大的技术,用于检测基因组中开放染色质区域。这种技术能够在单细胞水平上分析染色质的可及性,从而揭示基因表达的调控机制。🔍 技术原理:简单而高效...