ATAC-seq的原理 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)技术是一种利用Tn5转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性,即染色质的开放程度,指的是细胞核内大分子能够与染色质中DNA发生物理接触的程度。Tn5酶倾向性地结合开放的染色质区域,ATAC-seq技术利用这...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
而三酰甘油不溶于水,且密度比水小,这就导致无法正常收集脂肪组织细胞沉淀,低速离心后,脂肪细胞大量聚集在液体表面,我们将液体表面的脂肪细胞收集到匀浆器中,加入含某种特定的非离子型表面活性剂的溶液进行匀浆,释放细胞核,然后通过蔗糖梯度离心收集细胞核,后续建库过程与其他动物组织相同。 ATAC-Seq文库建好了,那么要...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应用。
ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质,结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时,结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 DNA 能被 Tn5 转座酶切割,与核小体紧密结合的 DNA 无法被切割。Tn5 转座酶切割 DNA 时插入测序接头,经过 PCR 扩增等步骤就完成了测序建库。
MNase-Seq:利用外切酶将含有核小体包裹的区域切割下来进行测序,获得开放染色质区域,用来鉴定核小体区域。 ATAC-Seq:利用转座酶来获取开放性染色质,通过高通量测序对易接近转座酶核染色质区域进行分析。 相比较 DNase-Seq 和MNase-Seq,ATAC-seq 建库起始量低、耗时费力小、重复性高。 研究方向 如何确定自己的研究课...
ATAC-seq是一种结合了转座酶和高通量测序的技术。其基本原理是利用转座酶对染色质进行切割,识别并切割开放染色质区域的DNA,然后对这些切割后的DNA片段进行建库和测序。通过对测序数据进行生物信息学分析,研究人员可以识别基因组中染色质开放的区域,进而推断出转录因子结合位点和调控元件。
atac-seq建库测序方法的原理主要包括三个步骤:细胞溶解、超声波切割和DNA测序。将待检测的细胞溶解并提取其中的染色质。利用超声波将染色质切割成合适的大小。使用DNA测序技术对这些切割后的染色质进行测序,并利用计算方法鉴定出其中的开放染色质区域。这一原理的关键在于高效地切割染色质,以及准确地鉴定出其中的开放染色...