ATAC-seq的原理ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)技术是一种利用Tn5转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性,即染色质的开放程度,指的是…
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
ATAC-Seq由于其所需样本少,建库快,重复性更高,是目前研究开发染色质的主流技术方法。 2. 应用 染色质开放性图谱绘制 找调控生物学过程的关键转录因子 找哪个转录因子调控了研究的基因 找转录因子调控的靶基因 3. 技术限制 Tn5通过插入剪断DNA 并将测序接头连接到剪断的两个DNA 片段的末端,因此对于一个DNA 片段...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin high throughput sequencing)是一种高通量的分子生物学技术,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色体上的开放染色质区域即染色质可及性。 原理:利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。
ATAC-Seq 实验原理 在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质DNA会被Tn5转座酶随机插入并切割,并将NGS接头添加到开放的DNA中,后续进行建库、测序、分析,即可得到开放染色质的信息。
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质,结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时,结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 DNA 能被 Tn5 转座酶切割,与核小体紧密结合的 DNA 无法被切割。Tn5 转座酶切割 DNA 时插入测序接头,经过 PCR 扩增等步骤就完成了测序建库。
与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应用。ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools...