数据库 sql 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 其他 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易...
目前,SCENIC提供Human、Mouse、Fly和Chicken物种的数据库,其他物种的SCENIC的分析,作者提供了构建数据库的方法[create_cisTarget_databases](https://github.com/aertslab/create_cisTarget_databases)。 构建物种SCENIC的数据库相对繁琐而且要求该物种有一定的转录因子研究基础,因此作者建议,如果是动物的话,可以利用提供的...
ATAC-seq分析:数据质控(6) 1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 代码语言:text 复制 BiocManager::install("ATACseqQC") 与ChIPQC 一样,AT...
首先是RNA-seq数据 链接是:ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu GSM4514055 RNA-seq_Fli1KO_rep1 GSM4514056 RNA-seq_Fli1KO_rep2 GSM4514057 RNA-seq_Fli1KO_rep3 GSM4514058 RNA-seq_Fli1KO_rep4 GSM4514059 RNA-seq_Fli1KO_rep5 GSM4514060 RNA-seq_WT_rep1 GSM4514061 RNA-seq_WT_rep2 GSM4514062 RNA-...
解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 这个GSE149838是提供表达量矩阵文件的,大家可以自行下载这个 GSE149838_Zeyu_Fli1koRNAseq_raw...
首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神...
参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 需要自行配置好,然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件: 项目地址是 代码语言:javascript 复制 #一次性下载所有的 fastq.gz样本 dsa=$HOME/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ls-lh $dsa ...
经查看,两个的基因组是一模一样的,不必重复下载,用同一个数据库,test数据可以顺利跑完。 1 diffscripts/download_genome_data.sh ../atac-seq-pipeline/scripts/download_genome_data.sh 用测试数据跑有个问题,数据太小没有结果,导致后面跑不下去,并不是流程有什么问题。
从NCBI SRA 数据库下载 SRR_Acc_List.txt 文件: 后面的分析都可以基于这个文件进行批处理。 使用sratools 进行批量下载,下载比较慢,就用 nohup 挂在后台下载,自己可以做点别的事: nohup prefetch -O .$(<SRR_Acc_List.txt)& 下载后的数据是放在一个个 SRRXXXXX 的文件夹里面的,我们用一个小脚本把它全部...
我突然发现我们的超算上有大名顶顶的ENCODE数据库ATAC-seq的分析流程,对于个人而言也可以轻松安装并进行调用。用户只要提供一个样本信息的json文件,按照他的示例进行排列就行了。 另外参考的背景知识文献 shift bam 问题 mcs2 参数 mcs2 home pages ATAC-Seq 分析流程 ...