ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神...
首先是RNA-seq数据 链接是:ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu GSM4514055 RNA-seq_Fli1KO_rep1 GSM4514056 RNA-seq_Fli1KO_rep2 GSM4514057 RNA-seq_Fli1KO_rep3 GSM4514058 RNA-seq_Fli1KO_rep4 GSM4514059 RNA-seq_Fli1KO_rep5 GSM4514060 RNA-seq_WT_rep1 GSM4514061 RNA-seq_WT_rep2 GSM4514062 RNA-...
首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的流程和阈值,两个联合起来就是散点图...
ATAC-seq分析:数据质控(6) 1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 代码语言:text 复制...
酵母单杂、ChIP-seq是研究转录因子调控基因表达的传统方法,但不足之处在于二者都是体外实验,通过对染色质开放区以及footprint分析所获得的转录因子结合信息更符合在体内的真实情况。 当然,任何一种技术都不是完美的,本文所介绍分析策略的局限性在于其较为依赖转录因子motif数据库的注释,因而较难在小众的物种中展开,不...
在ATAC-seq中,收集好组织或者细胞的细胞核之后,使用Tn5 DNA转座酶特异性的结合到染色体开放区域,而那些紧密连接的区域不会受到影响,这样开放区域的染色质DNA会被转座酶随机插入并打断,而转座酶插入时携带测序接头,最后将打断后的DNA收集,建库测序,即ATAC-seq。
首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神...
conda env create --file atac-seq-env.yml# ATAC-seq 创建完成后激活环境就可以使用了: conda activate atac-seq 数据获取与预处理 从NCBI SRA 数据库下载 SRR_Acc_List.txt 文件: 后面的分析都可以基于这个文件进行批处理。 使用sratools 进行批量下载,下载比较慢,就用 nohup 挂在后台下载,自己可以做点别的...
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peaks的差异主要是两个思路,使用韦恩图展现有无peaks的差异,另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了,有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析,不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析,让我们一起看看距离2013年的ATAC-se...