ATAC-seq技术原理 首先,提取细胞核,与带有标签序列的Tn5酶孵育,此时Tn5酶会对染色质开放区域的DNA进行片段化,并在末端加上标签序列;然后,依靠标签序列设计引物进行PCR扩增;最后,对扩增产物进行高通量测序。 图1.ATAC-seq建库流程示意图 相比其它染色质可及性研究方法,ATAC-seq的技术特点: ATAC-seq应用场景 1、染色...
ATAC-Seq 实验原理 在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质DNA会被Tn5转座酶随机插入并切割,并将NGS接头添加到开放的DNA中,后续进行建库、测序、分析,即可得到开放染色质的信息。
表观遗传学研究利器——ATAC-seq 技术,高效探索染色质开放区 一文详解 ATAC-seq 原理+读图:表观遗传的秀儿 ATAC-Seq 基础分析+高级分析+多组学分析 维基百科-染色体 一文了解 ATAC-seq 单细胞 ATAC 测序 表观组学专题:ATAC-seq, 你了解多少呢 ATAC-seq ATAC-seq 学习记录...
atac-seq原理 ATAC-seq原理: 利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。 1、DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。DNA的复制和转录都需要将染色质紧密结构打开,从而允许调控因子结合DNA。这部分被打开的染色质,就叫开放染色质区域(Open Chromation ...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 常见的染色质开放区主要...
Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶,常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理,可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。 Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用...
ATAC-seq原理: 在核小体连接致密的地方,转座酶不能进入,而松散的区域,转座酶能够进入并切割下暴露的DNA区域,同时连上特异性的接头,有接头的DNA片段被分离出来,进行二代测序。 Buenrostro J D, et al. Nature Methods, 2013. 将测序后相应长度的reads与参考基因组进行比对后富集,获取peak信息,得到全基因组尺度上...
ATAC-Seq的原理 细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有广泛应用,借助二聚体Tn5独特的“标记”功能,可以切割双链DNA并将得到的DNA末端连接到特定的接头上。ATAC-Seq也是利用Tn5转座酶技术,转座酶可以结合到染色质的开放区域并进行切割打断,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进...
原理:通过将目标基因的cDNA克隆到表达载体中,然后将该载体转染到细胞中,使目标基因在细胞中高水平表达。可以使用不同的启动子来控制表达水平,常用的有CMV(巨细胞病毒)启动子和EF1α(延伸因子1α)启动子。 应用:功能验证:研究特定基因或蛋白质的功能,特别是在表观遗传调控中的作用。