一个有用的功能是我们可以使用 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们的绘图中使用的配对读取的最小和最大片段长度。这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号(< 100 个碱基对)来生成我们在 TSS 区域的图。 代码语言:javascript 复制 nucFree<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations...
在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = t...
与 RNA 聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体,共同参与转录起始的过程。 TSS:转录起始位点。在一个典型的基因内部,排列顺序为转录起始位点(TSS,一个碱基)-起始密码子编码序列-终止密码子编码序列-转录终止位点,即 TSS-ATG-TGA-TTS。 histone:组蛋白。通常含有 H1,H2A,H2B,H3,H4 等 5 种成分,其中 H1 与 H3 极度富含...
有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有不同的分布,所以不能认为没有明显核小体峰图的文库是失败的,二者要综合来看;TSS Score为1.7的文库则只有很低的信号富集,显然是失败的实验。 图5. ATAC-s...
在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations,...
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,启动子是靠近转录起始点(TSS)的DNA区域,它包含转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS),所以转录因子能够结合在启动子上TFBS,招募RNA聚合酶进而转录基因。增强子一般位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域,转录因子与增强子结合...
将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比，在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似，在TSS区域强烈富集（图16d）。但是正常条件下生长的样本，OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低（图16d）。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果，显示它们有544个相同基因...
整个信号谱图代表的是peak在转录起始位点TSS上游 3kb 到转录终止位点下游3kb 范围内每个位点上所有基因的平均信号值;下方是对应的信号热图,每一行代表每一个基因,横坐标代表的同样是转录起始位点TSS上游 3kb 到转录终止位点下游3kb 范围内每个位点上对应的信号值,颜色越偏黄,则表明附近有较强的信号峰出现,该区域...
这两个质控步骤可以先做第一个,第二个TSS富集峰图需要在peak calling和转换文件格式为.bw之后,使用Deeptools工具作图。 Reads Shifting 质控后还有一个步骤是进行reads shifting,前面说过Tn5酶切过程中会在上下游产生一个缺口,因此需要将正链正向移动4bp,负链负向移动5bp。
根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围,而下调的DAR分布没有明显的模式(图13b),表明OsNMCP1-OE染色质可及性的增加主要发生在TSS区域。此外,在正常(8791 vs 1524)和干旱(12742 vs 2511)条件下,上调DARs的数量明显大于下调DARs的数量(图13c)。