nucFree<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations,style="point",format="bam",paired=TRUE,minFragmentLength=0,maxFragmentLength=100,forceFragment=50)class(nucFree) 现在我们有了我们的配置文件对象,我们可以使用 soGGi 中的 plotRegion() 函数创建我们的图。 在这里,我们看到了 TSS 上方区域中...
一个有用的功能是我们可以使用 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们的绘图中使用的配对读取的最小和最大片段长度。这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号(< 100 个碱基对)来生成我们在 TSS 区域的图。 代码语言:text 复制 nucFree <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = tssL...
在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = t...
图4显示了ATAC-seq 的TSS富集情况,无核小体片段(Nucleosome Free Region, NFR)信号在TSS附近富集,而核小体信号则避开了TSS,在转录起始位点两侧显示出富集。有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有...
在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations,...
为了探究可接近区域的生物学功能,该研究鉴定了拟南芥整株幼苗(Col-0 50000seedling replicate 1)和根(Col-0 50000 root replicate 1)的组织特异性区域,进而在TSS上游1kb的peak中和基因区找出1265个整株幼苗特异性基因和808个根特异性基因。对这些基因进行GO功能分析,发现幼苗特异性基因主要与光合作用有关,而根特异性...
将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比，在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似，在TSS区域强烈富集（图16d）。但是正常条件下生长的样本，OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低（图16d）。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果，显示它们有544个相同基因...
整个信号谱图代表的是peak在转录起始位点TSS上游 3kb 到转录终止位点下游3kb 范围内每个位点上所有基因的平均信号值;下方是对应的信号热图,每一行代表每一个基因,横坐标代表的同样是转录起始位点TSS上游 3kb 到转录终止位点下游3kb 范围内每个位点上对应的信号值,颜色越偏黄,则表明附近有较强的信号峰出现,该区域...
研究还统计ATAC-seq片段在所有染色体上的分布(图1d),绘制了转录起始位点(TSS)的上游和下游3 kb的基因的ATAC-seq信号图,并发现TSS区域具有最高的信号,这意味着与其他区域相比,基因的TSS具有更高的可及性(图1e)。 图1:水稻条纹病毒(RSV)感染下水稻种子染色质可及性景观...
首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图和热图(如下图),Each line will be a transcript,通过染色质开放与否识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子,因为启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb是比较常用的范围。