一个有用的功能是我们可以使用 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们的绘图中使用的配对读取的最小和最大片段长度。这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号(< 100 个碱基对)来生成我们在 TSS 区域的图。 代码语言:javascript 复制 nucFree<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations...
在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = t...
与 RNA 聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体,共同参与转录起始的过程。 TSS:转录起始位点。在一个典型的基因内部,排列顺序为转录起始位点(TSS,一个碱基)-起始密码子编码序列-终止密码子编码序列-转录终止位点,即 TSS-ATG-TGA-TTS。 histone:组蛋白。通常含有 H1,H2A,H2B,H3,H4 等 5 种成分,其中 H1 与 H3 极度富含...
monoNuc<-regionPlot(bamFile=sortedBAM,testRanges=tssLocations,style="point",format="bam",paired=TRUE,minFragmentLength=180,maxFragmentLength=240,forceFragment=80) 同样,我们可以使用 plotRegion() 函数在 TSS 位置绘制单核小体信号。在此图中,我们可以清楚地看到预期的 +1 核小体信号峰以及其他几个核小...
TSS:转录起始位点。在一个典型的基因内部,排列顺序为转录起始位点(TSS,一个碱基)-起始密码子编码序列-终止密码子编码序列-转录终止位点,即 TSS-ATG-TGA-TTS。 histone:组蛋白。通常含有 H1,H2A,H2B,H3,H4 等 5 种成分,其中 H1 与 H3 极度富含赖氨酸,H1 不保守,其他组蛋白的基因非常保守。除 H1 外,其他 ...
将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比，在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似，在TSS区域强烈富集（图16d）。但是正常条件下生长的样本，OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低（图16d）。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果，显示它们有544个相同基因...
将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比,在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似,在TSS区域强烈富集(图16d)。但是正常条件下生长的样本,OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低(图16d)。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果,显示它们有544个相同基因(CoPE...
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,启动子是靠近转录起始点(TSS)的DNA区域,它包含转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS),所以转录因子能够结合在启动子上TFBS,招募RNA聚合酶进而转录基因。增强子一般位于启动子下游或上游1Mb的DNA区域,转录因子与增强子结合...
图4:典型成功的 ATAC-seq TSS富集图 如图3,去除接头后的ATAC-seq分布具有大约200 bp的明显周期性,表明片段受到核小体整数倍的保护。在200bp之下的是NFR区域,这种片段的分布呈现出细小的锯齿状,这和DNA螺旋间距相关。图4显示了ATAC-seq 的TSS富集情况,无核小体片段(Nucleosome Free Region, NFR)信号在TSS附近富...
根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围,而下调的DAR分布没有明显的模式(图13b),表明OsNMCP1-OE染色质可及性的增加主要发生在TSS区域。此外,在正常(8791 vs 1524)和干旱(12742 vs 2511)条件下,上调DARs的数量明显大于下调DARs的数量(图13c)。