1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
此外,同先前在多种生物体中的研究报告一致,ATAC-seq信号在 TSS 上下游1Kb区域显著富集(图 2C),这表明大多数顺式调控区域位于基因核心启动子的附近和THS处的开放染色质可预测转录活性。 为了确定染色质开放性的改变是否与转录变化一致,研究小组评估了全基因组范围内野生型(MCF7)和多柔比星耐药(MCF7-DR)MCF7...
该文章的研究对象是核纤层样蛋白OsNMCP1与染色质重塑复合物OsSWI3C,通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析OsNMCP1过表达转基因株系和OsSWI3C干扰转基因株系在干旱和正常条件下染色质的可及性和下游基因的表达情况,从而揭示OsNMCP1和OsSWI3C调控干旱和根生长相关基因中的作用。这篇文章中其他实验都相对完整,但ATAC-seq和R...
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2) 是用来检测DNA片段富集的软件,尽管当时是针对Chip-seq开发的,但是其非常好的适用于ATAC-seq。现在ATAC-seq主流的call peak软件依然是MACS2。 蛋白或转录因子结合位点附近会有reads富集,MACS2根据一定的统计模型,扫描全基因组,构建双峰模型,结合对照(background)来检测富集...
以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,而 ATAC-seq的reads富集在motif两端,横向代表基因组坐标, 纵向代表ATAC-seq的信号强度。 “Visualisation可视化部分” 首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图...
对于TSS两侧reads的分布进行统计,结果如下 这种图主要看分布的趋势,NRF序列在TSS附近是富集的,如上图红色的峰所示。核小体边界的序列在TSS附近出也呈现了富集,但是峰值和NRF的不同。 3. ATAC揭示了转录因子结合位置与核小体的距离 利用转录因子的chip_seq数据,分析了ATAC数据中各个转录因子与核小体不同距离内序列...
图3:典型成功的 ATAC-seq 片段分布 图4:典型成功的 ATAC-seq TSS富集图 如图3,去除接头后的ATAC-seq分布具有大约200 bp的明显周期性,表明片段受到核小体整数倍的保护。在200bp之下的是NFR区域,这种片段的分布呈现出细小的锯齿状,这和DNA螺旋间距相关。图4显示了ATAC-seq 的TSS富集情况,无核小体片段(Nucleosome...
GO分析对对照和干旱处理中与THS相关的基因进行功能富集。结果表明,在两种处理中,与代谢、发育和应激刺激相关的基因富集,这表明大多数可获得的染色质对应于为正常植物生长而主动转录的持家基因。TSS附近5kb的THS热图和信号图分析结果表明,在基因的TSS附近有许多THS,表明在对照和干旱处理中,TSS附近的染色质可接近性更强...
计算每个细胞的质控信息(即TSS富集分数和核小体信息); 根据质控参数过滤细胞; 使用500 bp bin创建全基因组TileMatrix; 使用调用addArchRGenome()时定义的geneAnnotation创建GeneScoreMatrix。 运行完成后,会在输出目录下生成sample1.arrow和sample2.arrow两个文件,而ArrowFiles对象实际只是Arrow文件路径的字符向量。
ATAC-seq数据质量评估主要是看两个图,一个是插入片段分布图(Fragment Insertion Size Distribution),一个是TSS富集峰图。 插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有...