（a）OsNMCP1在ZH11（Oryza sativa ssp.japonica）和两个独立系OsNMCP1-OE中的qRT-PCR表达分析；（b）OsNMCP1基因结构示意图， osnmcp1-1和osnmcp1-2突变体的T-DNA插入和基因分型。ATG，起始密码子；TAA，终止密码子；PFG，T-DNA插入载体；F和R、正向和反向基因组引物；（c）ZH11和OsNMCP1-OE植物在...
对于得到的结果，从下图中可以看出ATAC-seq出来的结果，和传统方法出来的结果具有很强的一致性。图4 在典型实验条件下进行的染色质可及性分析的示意图(Tsompana et al., 2014)。注：从图中可以看出，TF与裸露染色质的结合会降低染色质区域的开放性。DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会...
该技术通过改造后活性极高的转座酶介导,对染色质结构开放区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,广泛应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究,在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。 图1. ATAC-Seq示意图 技术优势 快速实验流程精简,交付周期更短 微量所需细胞...
虽然FAIRE-seq 不依赖酶和抗体,但其检测背景较高,测序信噪比低,甲醛交联时间不好把握等缺陷,限制其使用范围。 图1ATAC-seq原理示意图 Q:有什么新技术方法来研究开放染色质? A:新推出的ATAC-seq利用Tn5转座酶(DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,这一过程就由转座酶参与完成。T...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
图1 ATAC-seq原理示意图 Q:有什么新技术方法来研究开放染色质? A:新推出的ATAC-seq利用Tn5转座酶(DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,这一过程就由转座酶参与完成。Tn5转座酶:“标签片段化工具”,Tn5转座体可将其衔接子负载整合到可接近的染色质区域,而空间位阻较不可接近的...
图10水稻苗期干旱胁迫处理下osnmcp1突变体植物和OsNMCP1-OE植物的表型。(a)OsNMCP1在ZH11(Oryza sativa ssp.japonica)和两个独立系OsNMCP1-OE中的qRT-PCR表达分析;(b)OsNMCP1基因结构示意图,osnmcp1-1和osnmcp1-2突变体的T-DNA插入和基因分型。ATG,起始密码子;TAA,终止密码子;PFG,T-DNA插入载体;F和R...
图1 ATAC-seq示意图 带有测序接头(红色和蓝色)的Tn5转座酶(绿色),只插入开放染色质区域。 ATAC-seq技术路线 图2 ATAC-seq技术路线图 样本和测序要求 样本类型:来源于培养细胞、全血及动植物组织的细胞样本; 推荐生物学重复数量:2-4个 测序策略:PE150 ...
(a)OsNMCP1在ZH11(Oryza sativa ssp.japonica)和两个独立系OsNMCP1-OE中的qRT-PCR表达分析;(b)OsNMCP1基因结构示意图, osnmcp1-1和osnmcp1-2突变体的T-DNA插入和基因分型。ATG,起始密码子;TAA,终止密码子;PFG,T-DNA插入载体;F和R、正向和反向基因组引物;(c)ZH11和OsNMCP1-OE植物在正常生长条件和...
对于得到的结果,从下图中可以看出ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性。 图4 在典型实验条件下进行的染色质可及性分析的示意图(Tsompana et al., 2014)。 注:从图中可以看出,TF与裸露染色质的结合会降低染色质区域的开放性。DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会...