PCRbottleneckCoefficient_1 计算为基因组中恰好有 1 个读取唯一映射的位置数与至少有 1 个读取的位置数...
在T细胞中,p-CREB和ATF3都被CGRP诱导(图5g),CREB在Atf3基因启动子的结合位点通过CUT&TAG和ChIP-qPCR检测在T细胞中得到确认(图5i)。CGRP增强的TH1细胞分化和CGRP诱导的Stat1在Atf3缺陷的T细胞中都被取消了(图5j),这表明CGRP通过ATF3诱导Stat1。作者进行了ChIP-qPCR并发现ATF3结合到Stat1的启动子区域(图5k)并诱导...
求助如标题，发自小木虫IOS客户端
首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图:可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的流程和阈值,两个联合起来就是散点图啦...
你是在做chromosome structure 或 accessibility 吗？我们实验室也有个人在做
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首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 韦恩图和散点图 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的流程和阈值,两个联合...
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