1、这个图是干嘛用的? 2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
求助如标题，发自小木虫IOS客户端
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
你是否在文献中看到过这样的图，想知道如何制作？在撰写ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag研究时，希望在文章中加入目标基因的可视化图表？首先需要明确：这类图展示的是测序reads的可视化结果，通过将reads与参考基因组比对，展示目标基因上的转录因子结合、组蛋白修饰以及染色质开放度。ChIP-seq/DAP-seq...
北京诺禾致源科技股份有限公司,提供ATAC-seq知识分享和检测服务,专注于生命科学与研究、肿瘤临床治疗建议、以及人类遗传领域,致力于成为全球领先的基因组学解决方案提供者。
ATAC-seq经典分析流程(上) 之前挖过一篇NC的文章,我们利用ATAC-seq和RNA-seq联合分析的手段筛选了与所关注性状的密切相关的基因。后来,通过还做了一系列的分子实验,结果发现这两种手段联合分析筛选出来的基因具有很强的功能。所以,这里我想和大家分享一下我们之前的分析过程,以供初学者在分析中有所参考!
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,抑制子,以及一些反式调控因子结合的位点。 启动子是靠近转录起始点(TSS)的DNA区域。它包含转录因子的结合位点,这些转录因子将招募RNA聚合酶...