1、这个图是干嘛用的? 2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。 " 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的...
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
FAIRE-seq：借助有机溶剂甲醛对DNA进行固定，之后通过酚氯仿抽提获取裸露的DNA，实验周期长，细胞数量相对...
北京诺禾致源科技股份有限公司,提供ATAC-seq知识分享和检测服务,专注于生命科学与研究、肿瘤临床治疗建议、以及人类遗传领域,致力于成为全球领先的基因组学解决方案提供者。
软件鉴定结果表格里有峰,而通过IGV查看峰图文件的时候发现没有峰,甚至是相反的趋势,可能是由于测序数据序列数量差异太大,导致的,这时候,可以将比对的序列数量保持一致,然后再看峰图。发现《一路生花》 知识 科学科普 纪伟讲测序 ATACseq Chipseq Ripseq m6Aseq m5Cseq Bam峰图 peaks注释...
图1 一、ATAC-seq是什么? ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。从定义可以看出该技术的研究目标是染色质的可进入性。 我们都知道DNA链很长,要压缩在很小的细胞核中,必须形成紧密的高级结构。但连接过于致密的话,...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
ATAC-seq经典分析流程(上) 之前挖过一篇NC的文章,我们利用ATAC-seq和RNA-seq联合分析的手段筛选了与所关注性状的密切相关的基因。后来,通过还做了一系列的分子实验,结果发现这两种手段联合分析筛选出来的基因具有很强的功能。所以,这里我想和大家分享一下我们之前的分析过程,以供初学者在分析中有所参考!
你是否在文献中看到过这样的图，想知道如何制作？在撰写ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag研究时，希望在文章中加入目标基因的可视化图表？首先需要明确：这类图展示的是测序reads的可视化结果，通过将reads与参考基因组比对，展示目标基因上的转录因子结合、组蛋白修饰以及染色质开放度。ChIP-seq/DAP-seq...
结果-1、T-ATAC-seq检测人类永生化T细胞的表现 采用288个Jurkat细胞作为检测对象。结果显示8.5×103个片段可以比对到核基因组,约38%的片段存在于整体ATAC-seq结果中(图c); T-ATAC-seq data 展示了片段长度预测及片段在转录起始位点附近的富集情况(图d),也可看出单细胞T-ATAC-seq与直接进行scATAC-seq的检测结果...