1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一，其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座，转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析，染色质开放区域会产生测序reads，而染色质紧缩区域则无测序reads产生：染色质开放程度越高，其测序信号越强。图 ATAC-seq概述（Buen...
MNase-Seq也是在ChIP-seq的基础上进行的发展，MNase酶的应用也是在ChIP技术中替代超声的步骤时使用的。MN...
所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态，主要应用于研究细胞重编程机制，染色质重塑因子，表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。数据处理解读部分包括Peak calling和Visualisation。Peak calling是用软件MACS统计检测染色质开放区域，一般会有一个山谷般的峰。Visualisation部分...
图1:ATAC-seq技术示意图 在ATAC-seq诞生技术以前,也有很多别的实验方法来研究开放染色质区域,图2总结了多种研究染色质结构的实验方法比较。 ChIP-seq: 经典研究转录因子与DNA结合的方法,利用超声波打断染色质,但是通量较低。需要使用特异性的蛋白抗体来富集其结合的DNA,一次反应只能提供一个转录因子的DNA结合信息。
箭头表示转录起点和方向。话说连这都没学过就已经开始看ATAC/chip-seq会不会有点混乱啊？
ChIP-seq是在实验前明确有一个感兴趣的转录因子，根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA，验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用；而ATAC-seq是在全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息。如果做了ATAC-seq可以不做ChIP-seq吗？答案是否定的。
「文献02」esATAC: 一个ATAC-seq分析的R包 【r<-ggplot2】修改x和y轴刻度 cowplot 小图嵌入大图 测试数据链接:CTCF_fragment.length.txt 链接: https://pan.baidu.com/s/1WAdTqL8VUw84QDkc0qBisA 提取码: enyx 缘由: 经常看到ATAC 有一个片段长度周期性分布图,但是一直没注意右上角小图有什么含义?感觉...
第三步,介绍10x单细胞ATAC-seq。 01 基本概念 图1. 常染色质(Euchromatin)和异染色质(Heterochromatin) (图片出处) 你我都是细胞构成的,而细胞又分为细胞质和细胞核,在由磷脂双分子包裹的细胞核里,有重要的遗传物质-染色质,这本质上决定了你是谁,O(∩_∩)O哈哈哈~哈哈哈!
结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC-seq峰在可能包含许多启动子的CpG岛上高度富集,表明DNA甲基化可能在心脏成纤维细胞的激活和分化过程中的染色质重塑中起作用。PCA图...