ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads结合模式,ChIP-seq是由于TF一起沉淀下来的DNA片段一般会大于TF的结合区域,read的位置并不是真实的TF结合的位置,需要向内shift; 而ATAC-seq建模的时候也需要shift,使两个“相邻”的峰shift成一...
图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol. 2015;109:21.29.1-21.29.9.Shashikant T, Ettensohn CA. Genome-wide analysis ...
这一步用的软件有比较经典的MACS2,这个软件可以处理ChIP-seq、ATAC-seq、CUT&TAG等等的数据,需要调整不同的参数。与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-exte...
软件鉴定结果表格里有峰,而通过IGV查看峰图文件的时候发现没有峰,甚至是相反的趋势,可能是由于测序数据序列数量差异太大,导致的,这时候,可以将比对的序列数量保持一致,然后再看峰图。发现《一路生花》 知识 科学科普 纪伟讲测序 ATACseq Chipseq Ripseq m6Aseq m5Cseq Bam峰图 peaks注释...
- 在画图的时候,你需要注意,要去掉一下不表达的峰区域,使图更加好看。 - 定义好你需要看区域中心,比如TSS位点、峰的中心,展示一个区域等等,这会影响你用computerMatrix的一些参数;你也需要定义好你想看的范围。 ref:快速使用 Deeptools 对 ChIP-seq 数据画图! Motif 分析 homer中findMotifsGenome.pl可以做这个...
结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC-seq峰在可能包含许多启动子的CpG岛上高度富集,表明DNA甲基化可能在心脏成纤维细胞的激活和分化过程中的染色质重塑中起作用。PCA图...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
图1:典型成功的 ATAC-seq 文库分布图(BioAnalyzer 2100) 由于样品类型、细胞数量和实验过程中的差异,ATAC-seq文库的大小和形状可能会有很大差异,包括核小体峰的数量也可能会有所不同。一个成功的ATAC-seq实验的片段分布如图1a所示。在该图中我们可以看到有单核小体、双核小体、三核小体这样依次累计下去,并且呈现...
我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),而input是空白对照(粉色),自然不会有峰;但是在下面ATAC-seq的文件里,这个峰与ATAC-seq的峰重合,说明ATAC-seq显示的在这个位置上DNA“容易被接近”,很有可能有smad的结合。
从上图中我们可以看出，结合ENCODE的CAGE数据（mRNA cap mapping)，发现在两个tss之间有一个单核小体峰。和MNase相比较ATAC-seq明显在调控区分辨核小体的表现更好。对所有活性tss的信号取平均，可以发现tss集中在nucleosome-free区，而其侧翼序列则对应nucleosome signal:不过ATAC检测的更多的还是nucleosome-...