基因组区域(富集峰)类 一般区域不固定,关注于定性。例如ChIP-seq、ATAC-seq、Cut&tag等比对后获得的富集峰。一般以bed格式存储,第一列是染色体,第二列是富集峰起始坐标,第三列是富集峰终止坐标(图1)。eccDNA,m6A,MeDIP等归于此类。 图1. 表达类(区域固定) vs 富集峰类(区域不固定) 什么是富集峰注释? 基...
软件鉴定结果表格里有峰,而通过IGV查看峰图文件的时候发现没有峰,甚至是相反的趋势,可能是由于测序数据序列数量差异太大,导致的,这时候,可以将比对的序列数量保持一致,然后再看峰图。发现《一路生花》 知识 科学科普 纪伟讲测序 ATACseq Chipseq Ripseq m6Aseq m5Cseq Bam峰图 peaks注释...
从原始数据到ATAC-seq峰识别定量与注释和差异结果的整合软件是由上海印序生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1385778,属于分类,想要查询更多关于从原始数据到ATAC-seq峰识别定量与注释和差异结果的整合软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
2)基因组区域(富集峰)类 一般区域不固定,关注于定性。例如ChIP-seq、ATAC-seq、Cut&tag等比对后获得的富集峰。一般以bed格式存储,第一列是染色体,第二列是富集峰起始坐标,第三列是富集峰终止坐标(图1)。eccDNA,m6A,MeDIP等归于此类。 图1. 表达类(区域固定) vs 富集峰类(区域不固定) 什么是富集峰注释?
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...