可以进一步进行一系列详细地分析，如确定全基因组reads的分布，确定峰长的分布，对具有识别峰的基因进行功能分析，基因功能元件上的峰的分布，以及样本间差异峰的分析等(Pranzatelli et al., 2018；Mu et al., 2012)。4、ATAC-seq技术的优缺点 4.1 ATAC-seq与其它技术的比较 ATAC-seq方法最初是作为微球菌核...
ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 2. ChIP-seq 与ATAC-seq 的比较 峰形状的区别 Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的区别,前者peaks是代表抗体结合转录因子的位点,后者peaks...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种基于高通量测序的方法,用于研究染色质可及性,进而分析基因表达和表观遗传修饰。差异peak的标准包括以下几点: 1.峰的数量:每个样本的peak数量要在15万以上,10万以上是最低标准。 2. IDR评估:使用IDR(Irreproducibility Discove...
由于开放染色质是大多数TF结合的先决条件,因此ATAC-seq峰通常与TF ChIP-seq峰重叠,但通常更宽。因此,TF ChIP-seq和ATAC-seq可以在同一实验系统中相互验证彼此的质量和可靠性。 ATAC-seq与 histone marker ChIP-seq集成,发现与活跃染色质标 H3K4me3,H3K4me1,H3K27ac等正相关,与不活跃的染色质标记 H3K27me3 负...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
3、生物信息学分析内容包括：基因组分布、峰图分析及注释、MOTIF分析、峰关联基因GO注释分析、峰关联基因KEGG注释分析等。文献示例 文献示例 图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin...
最后,在富含前翅的ATAC-seq峰内的两个候选CTCF结合基序在鳞翅目和毛翅目中也是保守的(图2),这两个谱系在300 Mya(百万年前)左右分化。 为了验证这一假设,作者使用CRISPR靶向突变来干扰Antp-Ubx_BE并评估其功能,并在富含前翅的ATAC-seq内的保守序列中设计了单个sgRNA(图2)。Antp-Ubx_BE靶点的CRISPR诱变诱导...
单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-seq 插入片段应该在约 <100、200、400、600bp大小有峰。 什么是DNA Motif? DNA功能域(Motif)是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物...
ATAC-seq有一个特点:两个接头置换出来的有可能是开放性染色质的区域,也有可能是转录因子上的DNA序列。这一点从上图中就可以看出来。所以在ATAC-seq的峰中,既有对应开放性染色质的,也有对应核小体的DNA片段上的。 ATAC-seq的实验流程:裂解细胞获得细胞核→使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段→PCR扩增→测...
以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,而 ATAC-seq的reads富集在motif两端,横向代表基因组坐标, 纵向代表ATAC-seq的信号强度。 “Visualisation可视化部分” 首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图...