A:先做个ATAC-seq,就当预实验了,check一下基因KO/KD是否引起了表观基因组水平上的变化。 Q:发现开放染色质发生了剧烈变化(Fig.1),这“预实验”发现的特征有点多。继续问:什么地方变了? A:做几个经典的组蛋白修饰的ChIP-seq,结合已发表的GRO-seq数据,发现这俩基因跟enhancer活性及其相关的histone mark有关(...
用ATAC-seq看开放染色质,用来衡量SWI/SNF的染色质重塑活性。 发现:ARID1A KO会引起染色质开放性剧烈变化,ARID1B KD就没反应; 在ARID1A KO细胞里KD ARID1B,会进一步改变“依赖于ARID1A区域”的开放状态。这解释了为什么这俩基因合成致死。 ARID1A蛋白比ARID1B含量高很多,说明ARID1A更多的参与形成SWI/SNF复合物,这部...