1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
ATAC热图就很好看,先简单做个热图: library(pheatmap) # 原始数据是有很多peak的,peak太多作图很慢,我们直接去掉一些没有变化的Region,# 假设你已经read table命名为count count$std <- apply(count,1,sd) # 计算标准差 count.variable <- count[which(count$std>1),] #直接截取标准差大于1的Region pheatmap...
ATAC-seq+RNA-seq: 一般来说,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,但是差异基因富集出来的基因通路只是一种相关性。想要分析出其中是谁调控了目的基因,就可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找潜在的调控因子,然后再进行后续的实验验证或者chip-seq的验证。 +HiC: 对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常...
这一步用的软件有比较经典的MACS2,这个软件可以处理ChIP-seq、ATAC-seq、CUT&TAG等等的数据,需要调整不同的参数。与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-exte...
结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC-seq峰在可能包含许多启动子的CpG岛上高度富集,表明DNA甲基化可能在心脏成纤维细胞的激活和分化过程中的染色质重塑中起作用。PCA图...
首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神...
在上一节中,你可能注意到一些基因得分图变化很大,这是因为scATAC-seq数据太过稀疏。我们使用MAGIC根据邻近细胞填充基因得分对信号进行平滑化处理。我们发现者能够极大程度地提高基因得分的可视化解读性。要执行此操作,我们需要先在我们的ArchRProject中加入填充权重。
5、Q:chip-seq分析中基因附近信号分布图怎么看? A:信号分布图包含信号谱图和热图两部分,信号谱图横坐标是基因的位置信息,TSS代表基因的转录起始位点,TES代表转录的终止位点,-3.0代表转录起始位点上游 3kb ,3.0kb代表转录终止位点下游3kb,纵坐标代表的是在基因的不同位点peak的平均信号值,整个信号谱图代表的是peak...
一个月的时间,在无数次错误和纠正后,我自己建立了一套ATAC-seq测序数据质检分析流程,而这些fq文件也变成了热图、火山图、bedfile以及HOMER的分析结果,我对于R和Python的各种报错也有比较深刻的理解。我老板看着这些图,对我说“每天早上给你的咖啡没白买,这比学校的生信人员实惠多了”。
二个月从零基础开始,精细化讲解 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 课程...