对于得到的结果，从下图中可以看出ATAC-seq出来的结果，和传统方法出来的结果具有很强的一致性。图4 在典型实验条件下进行的染色质可及性分析的示意图(Tsompana et al., 2014)。注：从图中可以看出，TF与裸露染色质的结合会降低染色质区域的开放性。DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会...
虽然FAIRE-seq 不依赖酶和抗体,但其检测背景较高,测序信噪比低,甲醛交联时间不好把握等缺陷,限制其使用范围。 图1ATAC-seq原理示意图 Q:有什么新技术方法来研究开放染色质? A:新推出的ATAC-seq利用Tn5转座酶(DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,这一过程就由转座酶参与完成。T...
（a）OsNMCP1在ZH11（Oryza sativa ssp.japonica）和两个独立系OsNMCP1-OE中的qRT-PCR表达分析；（b）OsNMCP1基因结构示意图， osnmcp1-1和osnmcp1-2突变体的T-DNA插入和基因分型。ATG，起始密码子；TAA，终止密码子；PFG，T-DNA插入载体；F和R、正向和反向基因组引物；（c）ZH11和OsNMCP1-OE植物在...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
图1 ATAC-Seq示意图技术优势 快速 实验流程精简,交付周期更短微量 所需细胞量少(低至数百个细胞),适用于临床样本准确 技术重复性好,与同类技术及同类测序平台一致性高全面 获得信息量大(全基因组调控活性图谱、全转录因子结合图谱)超值 依托华大基因BGISEQ-500平台强大的测序实力,超高性价比...
图10水稻苗期干旱胁迫处理下osnmcp1突变体植物和OsNMCP1-OE植物的表型。(a)OsNMCP1在ZH11(Oryza sativa ssp.japonica)和两个独立系OsNMCP1-OE中的qRT-PCR表达分析;(b)OsNMCP1基因结构示意图,osnmcp1-1和osnmcp1-2突变体的T-DNA插入和基因分型。ATG,起始密码子;TAA,终止密码子;PFG,T-DNA插入载体;F和R...
3、生物信息学分析内容包括：基因组分布、峰图分析及注释、MOTIF分析、峰关联基因GO注释分析、峰关联基因KEGG注释分析等。文献示例 文献示例 图 ATAC-seq峰图结果示意图（Shashikant T, Ettensohn CA. 2019）。参考文献 Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin...
与核小体结合的PBAF的结构示意图 针对SWI/SNF复合物的小分子抑制剂 ACBI1 (分子式C49H58FN9O7S)是一种有效的,基于 PROTAC 技术的BAF ATPase 亚基 SMARCA2 和 SMARCA4 降解剂,也是 PBAF 成员 PBRM1 的降解剂, 对 SMARCA2、SMARCA4 和 PBRM1 作用的 DC50 值分别为 6 nM、11 nM 和 32 nM。
图1:ATAC-seq技术示意图 在ATAC-seq诞生技术以前,也有很多别的实验方法来研究开放染色质区域,图2总结了多种研究染色质结构的实验方法比较。 ChIP-seq: 经典研究转录因子与DNA结合的方法,利用超声波打断染色质,但是通量较低。需要使用特异性的蛋白抗体来富集其结合的DNA,一次反应只能提供一个转录因子的DNA结合信息。
对于得到的结果,从下图中可以看出ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性。 图4 在典型实验条件下进行的染色质可及性分析的示意图(Tsompana et al., 2014)。 注:从图中可以看出,TF与裸露染色质的结合会降低染色质区域的开放性。DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会...