以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,而 ATAC-seq的reads富集在motif两端,横向代表基因组坐标, 纵向代表ATAC-seq的信号强度。 “Visualisation可视化部分” 首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图和热图(如下图),Each line will be a transcript,通过染...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有不同的分布,所以不能认为没有明显核小体峰图的文库是失败的,二者要综合来看;TSS Score为1.7的文库则只有很低的信号富集,显然是失败的实验。 图5. ATAC-s...
scale-region用来计算某一个区域内信号分布,比如如下代码设置的TSS和TES区域以及上下游各2K的区域内的信号分布计算; reference-point可以计算相对于某一个点的信号分布情况。 computeMatrix工具计算信号分布情况结果,可以使用plotProfile以折线图的方式对覆盖区域信号分布进行可视化,也可以使用plotHeatmap以热图的方式对覆盖区域...
1ATAC-seq结果 我们利用Agilent 2100对文库进行质检,理想情况下,质检峰图由一系列波浪式样的若干个峰信号构成。 图3 ATAC-seq文库质检图 2百迈客测序数据在TSS附近富集评估结果 我们绘制每个基因的TSS上下游3 kb区间的测序Reads的密度分布图,并将结果以热图的形式呈现如下: ...
除此之外,测序文库插入片段大小的分布也可以用来判断ATAC-seq实验的质量。插入片段大小的理论分布为:NFR fragments(<100 bp)、核小体单体(~200 bp)、核小体二聚体(~400 bp)和核小体三聚体(~600 bp),每个位置上都会有对应的特征性的峰分布(见下图左)。NFR f...
ATAC-seq数据质量评估主要是看两个图,一个是插入片段分布图(Fragment Insertion Size Distribution),一个是TSS富集峰图。 插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有...
为了检测OsNMCP1是否参与与染色质状态相关的基因表达调节,在正常和干旱条件下使用ATAC-seq和RNA-seq对OsNMCP1-OE-5和ZH11植物的根组织对进行了联合分析。与两种条件下的ZH11相比,TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集(图13a)。根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围...
在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。