在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = t...
以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,而ATAC-seq的reads富集在motif两端,横向代表基因组坐标, 纵向代表ATAC-seq的信号强度。 “Visualisation可视化部分” 首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图和热图(如下图),Each line will be a transcript,通过染...
综上所述,这些数据涉及到DAB1和SPI1一个未知的相互排斥的生物学意义,并将T细胞发育阶段,即儿童T- ALLs可能起源于成熟T细胞发育途径的不同层次,尽管早期水平始终一致。 图5不同染色质可及性和表达整合分析揭示循环的特异性表达的基因 文:唐林 排版:市场部 推荐阅...
2. 在基因的转录起始位点(TSS),片段数量和基因表达的程度呈高度正相关。以上观察在基于转座的计数方式上并不成立。因此,我们得出:scATAC-seq数据中的确存在定量信息,这些信息对于推断细胞的状态有重要帮助;同时,基于转座数量的计数方式并不能精确得提供定量信息。 该文章提出了一种对单细胞ATAC-seq数据进行定量计数的...
优势:使用细胞数较少;使用ATAC-seq识别全基因组上的开放染色质区域,在调控区域识别核小体结合和核小体游离位置,寻找全基因组范围内蛋白质可结合位点的信息,寻找不知道的特定转录因子;使用“footprint”推断dna结合蛋白在b细胞系中的位置。 ChIP-seq:一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。根...
考虑到可及性染色质区域是促进基因表达的先决条件,我们预计位于TSS附近的细胞类型特异性ATAC-seq峰有助于调节特定细胞的marker基因的表达。因此,作者使用Signac软件包整合sNucATAC-seq和sc/sNucRNA-seq,在细胞类型特异性背景下表达的基因TSS附近寻找染色质开放区域。该策略鉴定出11858个具有RNAseq和ATAC-seq配对峰的基因...
这表明单细胞分辨率的ATAC - seq分析有可能揭示可及染色质的离散和细胞类型特异性位点,且21个sNucATAC - seq簇具有开放染色质位置的独特组合特征。 图3 4. 染色质可及性与基因表达模式相关性分析 为揭示 sc/sNucRNA-seq和sNucATAC-seq实验的对应关系,研究者对拟南芥marker基因表达与 TSS处染色质可及性进行相关...
检测了pySCENIC鉴定的最顶层gata1调控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq数据(根据AUCell评分排序)(图5)。 我们观察了两个基因启动子(距转录起始位点3kb [TSS])和远端调控区域(距TSS 50 kb)的可及性,以及沿MEMP分化轨迹所选靶基因的表达水平...
图3: 3.染色质可及性和基因表达数据的整合分析 接下来,作者分析了样本的ATAC-seq数据。作者首先在所有皮质和髓质样本中确定了可访问的染色质区域(ARs),然后将这些区域合并到一个主列表中,总共产生196278个ARs。在所有样本中,>75%的ARs位于TSS>5kb的位置,这与它们作为远端调控元件的作用一致,并重现了作者之前研究...
对于转录起始TSS区域而言,对应的插入片段...的原理及应用,分为了以下几个部分 1. ATAC的实验方法 ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列,经PCR扩增后进行NGS测序,实验流程如下图所示 相比DNase-seq 2020.11.16【读书笔记】丨ATAC-seq技术的功能基因组研究 原理介绍 识别染色体开放区域、高信噪比、低成本...