将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比，在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似，在TSS区域强烈富集（图16d）。但是正常条件下生长的样本，OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低（图16d）。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果，显示它们有544个相同基因...
#形成矩阵文件 computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 -b 10000 -a 10000 -R gene.bed -S *.bw --skipZeros -o matrix_test_TSS.gz --outFileSortedRegions regions_test_genes.bed #绘制TSS富集图 plotHeatmap -m matrix_test_TSS.gz -out test_Heatmap.png # reference-point # ...
ATAC-seq还有其他特定的质量指标需要评估: a. 在已知染色质可及性区域中转座酶插入的富集(信噪比), b. 片段大小分布 图3:典型成功的 ATAC-seq 片段分布 图4:典型成功的 ATAC-seq TSS富集图 如图3,去除接头后的ATAC-seq分布具有大约200 bp的明显周期性,表明片段受到核小体整数倍的保护。在200bp之下的是NFR区...
因为OsSWI3C-RNAi植物表现出更强的抗旱性,研究人员进一步研究了OsSWI3C的抑制是否影响OsNMCP1-OE中基因的染色质可及性。将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比,在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似,在TSS区域强烈富集(图16d)。但是正常条件下生长的样本,OsSWI3C...
此外,上调DARs的基因组分布特征呈现出明显的启动子富集模式,其中>65%的peak在启动子区域(TSS的-3500至+100 bp区域)(图13c)。这些结果表明OsNMCP1可能主要作为染色质可及性的正调节蛋白,并通过提高其启动子区的可及性来调节下游基因的表达。 图13 OsNMCP1过表达改变了水稻染色质的可及性。(a)在正常和干旱条件...
这两个质控步骤可以先做第一个,第二个TSS富集峰图需要在peak calling和转换文件格式为.bw之后,使用Deeptools工具作图。 Reads Shifting 质控后还有一个步骤是进行reads shifting,前面说过Tn5酶切过程中会在上下游产生一个缺口,因此需要将正链正向移动4bp,负链负向移动5bp。
GO分析对对照和干旱处理中与THS相关的基因进行功能富集。结果表明,在两种处理中,与代谢、发育和应激刺激相关的基因富集,这表明大多数可获得的染色质对应于为正常植物生长而主动转录的持家基因。TSS附近5kb的THS热图和信号图分析结果表明,在基因的TSS附近有许多THS,表明在对照和干旱处理中,TSS附近的染色质可接近性更强...
不同文章、软件定义promoter区也不同,有的定义TSS上游3K到下游3K都是promoter,有的定义TSS上游200bp到下游800bp是启动子。 6)不同基因组特征的注释优先级 当一个很长的富集峰横跨同一个基因的intron、exon、3’UTR时候,这个富集峰该分到什么特征中呢?
由于我们是在基因组背景下进行生物医学研究的,因此需要将基因组区域(富集峰,peak)与基因联系起来,即确定峰落在哪个基因上,落在该基因的哪种基因组特征上,距离TSS的位置是多少bp等,然后才能进行后续的功能研究。这个过程叫做富集峰注释(peakannotation,图2)。如果仅关注某几个区域,就不需要用软件注释,建议直接用IGV...
2百迈客测序数据在TSS附近富集评估结果 我们绘制每个基因的TSS上下游3 kb区间的测序Reads的密度分布图,并将结果以热图的形式呈现如下: 图4 ATAC-seq数据在TSS附近的分布密度图 3全基因组Peak关联基因筛选 我们根据Peak区域与基因组上各基因功能元件的距离关系,对Peak区域进行注释:Peak...