# --skipZeros # -out ./test.TSS.gz 输出为文件用于plotHeatmap, plotProfile #--outFileSortedRegions ./test.TSS.bed 输出的文件名 3.热图中的每一行就是一个peak,因此这个热图一般很长,颜色不同代表富集的reads多少不同。黑线是指有些read没有比对上,那该如何将黑线去除呢? 可参考该链接:plotHeatmap ...
将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比，在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似，在TSS区域强烈富集（图16d）。但是正常条件下生长的样本，OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低（图16d）。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果，显示它们有544个相同基因...
图4显示了ATAC-seq 的TSS富集情况,无核小体片段(Nucleosome Free Region, NFR)信号在TSS附近富集,而核小体信号则避开了TSS,在转录起始位点两侧显示出富集。有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有...
为了检测OsNMCP1是否参与与染色质状态相关的基因表达调节,在正常和干旱条件下使用ATAC-seq和RNA-seq对OsNMCP1-OE-5和ZH11植物的根组织对进行了联合分析。与两种条件下的ZH11相比,TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集(图13a)。根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围,...
为了检测OsNMCP1是否参与与染色质状态相关的基因表达调节,在正常和干旱条件下使用ATAC-seq和RNA-seq对OsNMCP1-OE-5和ZH11植物的根组织对进行了联合分析。与两种条件下的ZH11相比,TSS附近OsNMCP1-OE株系测序reads显著富集(图13a)。根据peak曲线图,在OsNMCP1-OE株系中,上调DARs的分布主要集中在相邻基因的TSS周围...
ATAC-seq数据质量评估主要是看两个图,一个是插入片段分布图(Fragment Insertion Size Distribution),一个是TSS富集峰图。 插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有...
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...
2百迈客测序数据在TSS附近富集评估结果 我们绘制每个基因的TSS上下游3 kb区间的测序Reads的密度分布图,并将结果以热图的形式呈现如下: 图4 ATAC-seq数据在TSS附近的分布密度图 3全基因组Peak关联基因筛选 我们根据Peak区域与基因组上各基因功能元件的距离关系,对Peak区域进行注释:Peak...
GO分析对对照和干旱处理中与THS相关的基因进行功能富集。结果表明,在两种处理中,与代谢、发育和应激刺激相关的基因富集,这表明大多数可获得的染色质对应于为正常植物生长而主动转录的持家基因。TSS附近5kb的THS热图和信号图分析结果表明,在基因的TSS附近有许多THS,表明在对照和干旱处理中,TSS附近的染色质可接近性更强...
GM12878细胞的scNanoATAC-seq读取端在TSS周围显示出强烈的富集模式和围绕CCCCTC结合因子(CTCF)结合位点的足迹,这与基于NGS的scATAC-seq数据中的相似。研究团队利用编码候选顺式调节元件(cCRE)来分析从基于NGS的scATAC-seq数据和基于TGS的SCNANOATAC-seq数据调用的GM12878细胞的峰分布。在scNanoATAC-seq峰中,发现CTCF...