mkdir -p ~/project/atac/tss cd ~/project/atac/tss source activate atac computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 \ -b 10000 -a 10000 \ -R /home/kaoku/refer/mm10/ucsc.refseq.bed \ -S /home/kaoku/project/atac/align/*.bw \ --skipZeros -o matrix1_test_TSS.gz \ ...
近日,来自美国宾夕法尼亚大学的Junhyong Kim实验室(第一作者为苗振)在Nature Methods上发表了研究论文Uniform quantification of single-nucleus ATAC-seq data with Paired-Insertion Counting (PIC) and a model-based insertion rate estimator,提出了统一量化scATAC-seq数据的新方法—PIC,以及一个可以精确估计染色质...
=0) # 设置插入片段长度的阈值,过滤掉太长的片段 length_cutoff <- 1200 fragment <- data$V1[data$V1 <= length_cutoff] ### ##Part1:基础语法画图 ### # 利用直方图统计频数分布,设置柱子
在常规ATAC-seq中,这些片段因为被判定为“重复片段”而被错误去除。常规的ATAC-seq技术的这种缺憾造成了易开放的染色质区域在开放程度定量上的偏差,并会对转录因子足迹的鉴定造成影响。 UMI-ATAC-seq可以提高鉴定转录因子的足迹的敏感性和准确性 UMI-ATAC-seq技术通过精巧地设计Tn5转座酶携带的测序接头,引入了UMI标签...
1 条评论 默认 最新 皮呀皮 我们目前没遇到过这种情况。比对情况怎么样?比对时允许的最大插入片段长度是多少?软件bowtie2默认允许的插入片段长度是500(-X),对于ATAC数据,该参数应设置成更大的长度,如-X 2000。另外,是否在过滤BAM文件时过滤掉了有用的比对?【易基因】 2020-06-22 赞登录...
ATAC-seq与ChIP-seq | ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。 ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。
「文献02」esATAC: 一个ATAC-seq分析的R包 【r<-ggplot2】修改x和y轴刻度 cowplot 小图嵌入大图 测试数据链接:CTCF_fragment.length.txt 链接:https://pan.baidu.com/s/1WAdTqL8VUw84QDkc0qBisA提取码: enyx 缘由: 经常看到ATAC 有一个片段长度周期性分布图,但是一直没注意右上角小图有什么含义?感觉是对...