mkdir -p ~/project/atac/tss cd ~/project/atac/tss source activate atac computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 \ -b 10000 -a 10000 \ -R /home/kaoku/refer/mm10/ucsc.refseq.bed \ -S /home/kaoku/project/atac/align/*.bw \ --skipZeros -o matrix1_test_TSS.gz \ ...
近日,来自美国宾夕法尼亚大学的Junhyong Kim实验室(第一作者为苗振)在Nature Methods上发表了研究论文Uniform quantification of single-nucleus ATAC-seq data with Paired-Insertion Counting (PIC) and a model-based insertion rate estimator,提出了统一量化scATAC-seq数据的新方法—PIC,以及一个可以精确估计染色质...
「文献02」esATAC: 一个ATAC-seq分析的R包 【r<-ggplot2】修改x和y轴刻度 cowplot 小图嵌入大图 测试数据链接:CTCF_fragment.length.txt 链接:https://pan.baidu.com/s/1WAdTqL8VUw84QDkc0qBisA提取码: enyx 缘由: 经常看到ATAC 有一个片段长度周期性分布图,但是一直没注意右上角小图有什么含义?感觉是对...
ATAC-seq与ChIP-seq | ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。DNA...
ATAC-seq是基于Tn5转座酶能够将测序接头优先插入到基因组上“无核小体区域”而实现捕获染色质开放区的一种高通量测序技术。由于在建库过程中需要进行PCR,不同片段的扩增效率存在差异,所以在进行下游分析时通常会先去除“PCR重复”,即与基因组匹配时两端的坐标一致的多个序列片段只保留一个。然而,这些“重复片段”实际...
1 条评论 默认 最新 皮呀皮 我们目前没遇到过这种情况。比对情况怎么样?比对时允许的最大插入片段长度是多少?软件bowtie2默认允许的插入片段长度是500(-X),对于ATAC数据,该参数应设置成更大的长度,如-X 2000。另外,是否在过滤BAM文件时过滤掉了有用的比对?【易基因】 2020-06-22 回复喜欢登录...