图3:典型成功的 ATAC-seq 片段分布 图4:典型成功的 ATAC-seq TSS富集图 如图3,去除接头后的ATAC-seq分布具有大约200 bp的明显周期性,表明片段受到核小体整数倍的保护。在200bp之下的是NFR区域,这种片段的分布呈现出细小的锯齿状,这和DNA螺旋间距相关。图4显示了ATAC-seq 的TSS富集情况,无核小体片段(Nucleosome...
提供“单细胞测序”标准的抽核解决方案。 2. CUT&Tag酶切片段分布 转录因子/组蛋白修饰的酶切片段分布呈现周期性。 3.reads密度分布图 reads在TSS附近呈现明显的富集。 4.功能元件分布图 Peak在基因功能元件上分布。 5.Peak可视化 参考文献: 1. Kaya-Okur H S, Wu S J, Codomo C A, et al. CUT&Tag ...
=0) # 设置插入片段长度的阈值,过滤掉太长的片段 length_cutoff <- 1200 fragment <- data$V1[data$V1 <= length_cutoff] ### ##Part1:基础语法画图 ### # 利用直方图统计频数分布,设置柱子
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有一个小齿,对应DNA螺旋一周的间距。200 bp有一个峰对应的是核小体单体的插入片段长度,再远点的400 bp和600 bp有两个小峰,对应核小体...
通常,成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图(从bam文件得到),其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(~200, 400,600碱基对)。因为大多数的Linker DNA的大小介于10-80bp之间,所有得到的大多数片段都会是小于100bp的(前面那段毛毛刺刺的,密度又很高的)。而每个...
ATACseq 应该代表对应于无核小体、单核小体和多核小体部分的片段长度的混合。我们可以使用 table() 函数来检索每个片段长度出现的向量。 fragLenSizes<-table(insertSizes)fragLenSizes[1:5] 现在我们可以使用新获得的 20 号染色体插入长度来绘制所有片段长度的分布。
在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(〜200, 400,600碱基对)。
c. 核密度估计来判断片段分布:F-seq、PeakDEck d. 不使用片段分布假设但通过软件打分:SPP e. 混合模型:JAMM 其中F-seq和ZINBA软件更新维护不及时,使用的时候应该注意。 Shaped-based方法直接或者间接利用reads的密度分布信息进行Peak Calling,包括PICS、PolyaPeaK和CL...
4 PCR扩增:根据Tn5转座酶带入的部分接头序列,设计PCR扩增引物,然后进行PCR扩增就可以将目的片段富集出来,同时完成文库的构建。 5片段筛选:利用XP磁珠不同用量,筛选到我们需要的片段大小。 6上机测序:使用illumina平台进行测序,推荐的测序数据量为15G左右。