ATACseq 应该代表对应于无核小体、单核小体和多核小体部分的片段长度的混合。我们可以使用 table() 函数来检索每个片段长度出现的向量。 fragLenSizes <- table(insertSizes) fragLenSizes[1:5] 现在我们可以使用新获得的 20 号染色体插入长度来绘制所有片段长度的分布。 library(ggplot2) toPlot <- data.frame...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
image.png ### ##Part3:其他(密度图) ### P3 <- ggplot(as.data.frame(fragment))+ geom_density(aes(x=fragment),bw=3,color = "red")+ xlim(0,NA)+ scale_y_continuous(breaks = c(seq(0,0.004,0.001)), labels=c(seq(0,4)), name = expression(Normalized ~ read ~ density ~ 10^-3...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATACseq 应该代表对应于无核小体、单核小体和多核小体部分的片段长度的混合。我们可以使用 table() 函数来检索每个片段长度出现的向量。 fragLenSizes<-table(insertSizes)fragLenSizes[1:5] 现在我们可以使用新获得的 20 号染色体插入长度来绘制所有片段长度的分布。
4) Trimmomatic过滤低质量片段和接头 当前,由于ATAC-seq普遍使用Illumina的Nextera文库,Nextera测序接头比例过高,进行准确的read比对前需将接头删除。目前,去除接头的工具大多采用不同的动态编程,包括 cutadapt,AdapterRemoval v2 ,Skewer和trimmomatic,它们都需要输入已知的接头序列。Trim-galore,fastp可以自动识别序头序列。
ATAC-seq的实验流程:裂解细胞获得细胞核→使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段→PCR扩增→测序。 ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。
每个核小体的DNA大小约为180bp，加上两边插入的冗余，我们会得到大约200bp长度的单核小体DNA。如果是两个核小体之间的片段，其长度约为400bp。依此类推，所得到的DNA片段大小分布如图所示。对于ATAC-seq测序结果的fastq文件，与其它测序结果类似，经过fastqc进行序列质量分析、去杂、去除接头、比对、...
酶切片段长度分布 功能性区域Peak分布 差异Peak基因富集分析 ATAC-seq 利用高通量测序检测转座酶易接近染色质的技术。在ATAC-seq技术中,DNA探针(作为转座子发挥作用)通过酶促反应(转座酶Tn5)被整合到基因组的开放区域,然后通过测序来鉴定这些区域。其本质也是研究DNA与蛋白质结合的技术。一般用于肿瘤异质性研究、基因...
插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有一个小齿,对应DNA螺旋一周的间距。200 bp有一个峰对应的是核小体单体的插入片段长度,再远点的400 bp和600 bp有两个...