ATAC-seq还有其他特定的质量指标需要评估: a. 在已知染色质可及性区域中转座酶插入的富集(信噪比), b. 片段大小分布 图3:典型成功的 ATAC-seq 片段分布 图4:典型成功的 ATAC-seq TSS富集图 如图3,去除接头后的ATAC-seq分布具有大约200 bp的明显周期性,表明片段受到核小体整数倍的保护。在200bp之下的是NFR区...
将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比，在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似，在TSS区域强烈富集（图16d）。但是正常条件下生长的样本，OsSWI3C-RNAi株系在TSS区域分布显著性降低（图16d）。对比OsSWI3C-RNAi和OsNMCP1-OE株系的结果，显示它们有544个相同基因...
因为OsSWI3C-RNAi植物表现出更强的抗旱性,研究人员进一步研究了OsSWI3C的抑制是否影响OsNMCP1-OE中基因的染色质可及性。将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比,在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似,在TSS区域强烈富集(图16d)。但是正常条件下生长的样本,OsSWI3C...
因为OsSWI3C-RNAi植物表现出更强的抗旱性,研究人员进一步研究了OsSWI3C的抑制是否影响OsNMCP1-OE中基因的染色质可及性。将OsSWI3C-RNAi的ATAC-seq结果与OsNMCP1-OE的ATAC-seq结果进行对比,在干旱胁迫下OsNMCP1-OE的上调基因与OsSWI3C-RNAi高度相似,在TSS区域强烈富集(图16d)。但是正常条件下生长的样本,OsSWI3C...
reads在TSS附近呈现明显的富集。 4.功能元件分布图 Peak在基因功能元件上分布。 5.Peak可视化 参考文献: 1. Kaya-Okur H S, Wu S J, Codomo C A, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1930. ...
这两个质控步骤可以先做第一个,第二个TSS富集峰图需要在peak calling和转换文件格式为.bw之后,使用Deeptools工具作图。 Reads Shifting 质控后还有一个步骤是进行reads shifting,前面说过Tn5酶切过程中会在上下游产生一个缺口,因此需要将正链正向移动4bp,负链负向移动5bp。
NFR fragments应该富集在转录起始位点(TSS)附近(见下图右黑色实线),而结合核小体的区域在TSS位置应该缺失且在TSS两侧相对富集(见下图右红色虚线)。 image 文章推荐软件组合:FastQC→trimmomatic→BWA-MEM→ATACseqQC 康测科技软件组合:FastQC→trimmomatic→** Bowtie2→Picard+RSeQC**...
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整个信号谱图代表的是peak在转录起始位点TSS上游 3kb 到转录终止位点下游3kb 范围内每个位点上所有基因的平均信号值;下方是对应的信号热图,每一行代表每一个基因,横坐标代表的同样是转录起始位点TSS上游 3kb 到转录终止位点下游3kb 范围内每个位点上对应的信号值,颜色越偏黄,则表明附近有较强的信号峰出现,该区域...
ii. NFR的片段应该在基因的转录起始位点(TSS)周围富集,而核小体结合区域的片段应该在TSS处被形成低谷,TSS周围的侧翼区域会稍微富集。 iii. 最后,对于正链和负链,read应分别偏移 +4 bp和 -5 bp,以便实现TF足迹和基序的碱基对解析相关分析,因为Tn5转座酶对缺口进行DNA修复产生了9 bp重复。大多数上述质量控制和分...