在这里,我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 monoNuc <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = t...
以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰就是CTCF的结合区域,中部位置为CTCF的motif,而 ATAC-seq的reads富集在motif两端,横向代表基因组坐标, 纵向代表ATAC-seq的信号强度。 “Visualisation可视化部分” 首先我们在文章中经常可以看到以转录起始位点 (TSS) 为中心的峰图...
总之,ATAC-seq和RNA-seq联合分析揭示了改变的染色质对细胞衰老的影响可部分归因于基因表达变化。 图4. (A)显示TSS处的ATACseq信号与RS细胞中的基因表达之间的相关性。(B)显示TSS处的ATAC-seq信号与生长细胞中的基因表达之间的相关性。(D)维恩图显示了与RS细胞中染色质可及区相关的基因和差异表达的基因。 3、C...
综上所述,这些数据涉及到DAB1和SPI1一个未知的相互排斥的生物学意义,并将T细胞发育阶段,即儿童T- ALLs可能起源于成熟T细胞发育途径的不同层次,尽管早期水平始终一致。 图5不同染色质可及性和表达整合分析揭示循环的特异性表达的基因 文:唐林 排版:市场部 推荐阅...
下面我们来看一下TSS区域附近的reads分布 红色单峰表示的在染色质开放区域的插入片段的集合。这也证明了我们的切割是正确的。蓝色多峰的就表示核小体的切割。 下面主要想表示:开放染色质主要集中在TSS区域 3、转录因子结合位置与核小体的距离并揭示转录因子结合位置 作者通过转录因子的chip-seq数据,分析了在ATAC数据...
优势:使用细胞数较少;使用ATAC-seq识别全基因组上的开放染色质区域,在调控区域识别核小体结合和核小体游离位置,寻找全基因组范围内蛋白质可结合位点的信息,寻找不知道的特定转录因子;使用“footprint”推断dna结合蛋白在b细胞系中的位置。 ChIP-seq:一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。根...
2. 在基因的转录起始位点(TSS),片段数量和基因表达的程度呈高度正相关。以上观察在基于转座的计数方式上并不成立。因此,我们得出:scATAC-seq数据中的确存在定量信息,这些信息对于推断细胞的状态有重要帮助;同时,基于转座数量的计数方式并不能精确得提供定量信息。
图3 ATAC-seq分析图Figure 3 ATAC-seq analysis注:(a)左侧最高峰代表无核小体片段,对应开放的染色质区域,右侧是单核小体峰,同时具有非核小体片段和单核小体片段说明数据质量良好;(b)回帖序列主要富集在转录起始区(TSS);(c)ATAC-seq序列主要富集在峰中心附近,说明数据良好;(d)将注释结果在全基因组功能性区...
考虑到可及性染色质区域是促进基因表达的先决条件,我们预计位于TSS附近的细胞类型特异性ATAC-seq峰有助于调节特定细胞的marker基因的表达。因此,作者使用Signac软件包整合sNucATAC-seq和sc/sNucRNA-seq,在细胞类型特异性背景下表达的基因TSS附近寻找染色质开放区域。该策略鉴定出11858个具有RNAseq和ATAC-seq配对峰的基因...
这表明单细胞分辨率的ATAC - seq分析有可能揭示可及染色质的离散和细胞类型特异性位点,且21个sNucATAC - seq簇具有开放染色质位置的独特组合特征。 图3 4. 染色质可及性与基因表达模式相关性分析 为揭示 sc/sNucRNA-seq和sNucATAC-seq实验的对应关系,研究者对拟南芥marker基因表达与 TSS处染色质可及性进行相关...