ATAC-seq实验的文库的大小分布情况是QC检验的重要指标。在真核生物的染色质中,核DNA被包装在核小体中,每个核小体含有147 bp的DNA,缠绕在组蛋白八聚体核心周围,每个核小体之间有20-90 bp的短DNA接头。染色质这种紧密或松散的包装可以控制基因是否表达——在DNA与组蛋白缠绕比较松散或开放的染色质区域,转录启动子...
ChIP-seq and ATAC-seq peak calling 中,若对BAM文件使用MACS2,之后生成* .narrowPeak文件与 *. bdg文件, * .narrowPeak文件数据利用bedtools的blacklist筛选峰进行QC,既可用diff查看筛选前后文件数据的差异,也可先用FileZilla下载文件后拖入已导入sacCer3基因组的IGV进行可视化,观察峰的差异。 若对BAM文件使用GEM...
在第一篇ATAC-seq文章里面,如图: 可以使用atacQC 对 ATAC文库出 Fragment size distribution ,示例图如下: 参考资料 哈佛深度NGS数据分析课程https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/tree/master/sessionV/lessons04_ChIP-Seq Quality Assessment: Cross-correlationhttps://github.com/hbc...
与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个工作流函数,它将通过 BAM 文件路径的单个参数获取大部分所需的 QC。由于这可能会占用大量内存,因此我只是在一个 BAM 文件中对其进行说明,该文件仅包含 ATACseq 数据的 17 号染色体读数。 代码语言:text 复制 library(ATACseqQC) ATACQC <- bamQC("~/Downloads/Sorted...
在比对之前,我们建议花一些时间查看 FASTQ 文件。一些基本的 QC 检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差,例如读取质量的意外下降或非随机 GC 内容。 2. Greenleaf 在本节中,我们将稍微处理一下 Greenleaf 数据集。 我们将处理从 FASTQ 到 BAM 的 Greenleaf 数据的一个样本,以允许我们审查 ATACseq 数据的一...
2.测序数据QC:利用FastQC对原始测序数据进行QC。 3.去除接头:对于源自短DNA片段的reads,3'末端可能含有Illumina测序接头,接头污染可能会影响基因组比对和下游分析,需去除接头。常见的去除接头的软件有Cutadapt和NGmerge,其中Cutadapt需要提供接头序列作为输入参数;而NGmerge不需要提供接头序列,但是它只适合双末端测序数据。
1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶...
接下来,小编就带大家再看下百迈客ATAC-seq文库QC、数据评估结果: 1ATAC-seq结果 我们利用Agilent 2100对文库进行质检,理想情况下,质检峰图由一系列波浪式样的若干个峰信号构成。 图3 ATAC-seq文库质检图 2百迈客测序数据在TSS附近富集评估结果 我们绘制每个基因的TSS上下游3 kb区...
RNA-seq的QC比较简单,所以如果Cut&Run有对应的RNA-seq,那就直接看DEG周围的peak是否有差异。 结果是必然的! Diffbind高级分析法:notebooks/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/Diffbind.ipynb DBA_NORM_LIB ("lib") Normalize by library size only. Library sizes can be specified using the library parameter....
一、染色质开放研究技术发展史 ATAC-seq作为表观组学研究技术之一，已经被很多组学专家所接受并已经在应用...