此外,scAGDE在运行时间和内存使用上表现合理,优化了计算效率与精度的平衡,使其适用于大规模单细胞ATAC-seq数据的分析。 3. scAGDE在增强细胞类型特异性增强子区域发现与调控机制推断中的应用 scAGDE通过其独特的峰值重要性评分来有效筛选和...
2025年3月28日，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）汤富酬课题组与清华大学基础医学院纪家葵课题组合作在Science上发表题为Chromatin Accessibility Landscape of Mouse Early Embryos Revealed by Single-cell NanoATAC-seq2的研究论文。该研究首次报道了适用于单细胞样本起始的ATAC-seq技术——scNanoATAC-seq2。该技...
2025年3月28日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)汤富酬课题组与清华大学基础医学院纪家葵课题组合作在Science上发表题为Chromatin Accessibility Landscape of Mouse Early Embryos Revealed by Single-cell NanoATAC-seq2的研究论文。该研究...
第二和第三种策略需要额外的生物信息处理和互补的参考数据集(例如,批量ATAC-seq或单细胞RNA-seq)。
综上所述,我们证明了针对单个细胞ATAC-seq数据的三种互补细胞类型注释策略。所选择的cell 类型注释方法将取决于对感兴趣的示例类型或类似的示例类型可用的知识或数据。第一种策略是使用已知的cell类型标记,这是最简单的,并且可以在Loupe中很容易地显示出来。第二和第三种策略需要额外的生物信息处理和互补的参考数据集(...
scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integrationHETEROGENEITYRNA sequencingMULTIOMICSDATA integrationSingle-cell multi-omics data integration aims to reduce the omics difference while keeping the cell type difference. However, it is daunting to model and ...
As long-read sequencing has advantages for haplotype phasing, we haplotyped chromatin accessibility of GM12878 (Fig.1b, c) after proving the fidelity of our method. We validated allele-specific peaks (ASPs) identified in scNanoATAC-seq by short-read bulk ATAC-seq. Chromatin accessibility signals...
With the estimated cell reliability, scBridge computes the ATAC prototypes as the weighted average of scATAC-seq cells with the same predicted cell type and aligns them with the RNA prototypes to achieve integration (Step d). Lastly, scBridge selects the most reliable scATAC-seq cells and ...
这种无监督的、基于整合的策略将单个细胞的ATAC-seq数据嵌入到参考的单个细胞RNA-seq数据中,并且不需要任何标记基因的先验知识。可以通过计算基因和转录因子活性评分来验证注释(图4A-C)。基于集成的策略还可以扩展为任何类型的单细胞数据的注释。例如,可以使用预先注释的单细胞RNA数据集轻松地对单细胞RNA-seq数据进行注...
总之,这种方法改进了ATAC-Seq,使研究人员能够在单细胞水平上研究许多样本类型的生物学变异,这将导致对细胞异质性的分子基础有更深入的了解。 基础知识 1.细胞核: 2.染色体: 染色体结构 3.核小体:DNA和组蛋白形成的染色质基本结构单位。 核小体结构.png ...