数据比对:scATAC-seq数据比对通常需要使用比对软件如Bowtie2、BWA等将reads比对到参考基因组上。 信号矩阵生成:在比对后,根据reads的位置和大小信息,生成信号矩阵(count matrix),用于后续的分析。常用的工具有MACS2、SAMtools等。 细胞聚类和降维:使用聚类和降维算法,如PCA、t-SNE和UMAP等,将单个细胞分为不同的簇,...
并根据scATAC-seq数据创建一个新的gene活性表格,我们在这里仅采用一种简单的方法:sum统计与基因体和启动子区域重叠的fragement的个数为了创建gene活性表达矩阵,我们提取每个gene的坐标并延长至其上游的2kb区域,然后我们统计每个细胞中映射到上述区域的fragement数目,这一步可以使用FeatureMatrix()函数来进行,但是这步已经...
将scRNA-seq和scATAC-seq共同展示,对一些骨髓(myeloid)和淋巴(lymphoid)PBMC中比较常见的聚类,其实是能从图中看出来。 p1<-DimPlot(pbmc.atac,reduction="tsne")+NoLegend()+ggtitle("scATAC-seq")p2<-DimPlot(pbmc.rna,group.by="celltype",reduction="tsne",label=TRUE,repel=TRUE)+NoLegend()+ggtitle("sc...
scATAC-seq分析流程包含数据预处理、质量控制、比对、单细胞分析、聚类与可视化等多个步骤。首先，通过数据预处理去除低质量reads和PCR扩增偏差，确保数据质量。接着，利用Bowtie2或BWA软件进行比对，将reads与参考基因组进行匹配。在比对后，通过MACS2或SAMtools生成信号矩阵，用以后续分析。之后，采用PCA、t...
软件名称多样本scATAC-seq数据分析流程软件 软件简称ADAM版本号V1.0 登记号2023SR0880386分类号- 著作权人深圳华大生命科学研究院首次发表日期- 登记日期2023-08-02 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-09-12基于线粒体标记物的真核生物鉴定软件真核生物鉴定软件2024SR1365152V1.1 ...
seq的流程方法,其特征在于:包括scRNA-seq分析、scATAC-seq分析、scRNA-seq和scATAC-seq联合分析;所述scRNA-seq分析包括如下步骤:A1、原始数据处理;A2、差异分析和细胞聚类;A3、TF的查找;所述scATAC-seq分析包括如下步骤:B1、原始数据处理;B2、信号峰的位置和强度的寻找;B3、相关性分析和差异分析;B4、转录因子搜寻。
,分析流程具有简便新颖性,先对scrna-seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scatac-seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过couplednmf联合分析,另外我们将couplednmf原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析。
简介:Seurat的scATAC-seq分析流程 Seurat 3.X版本能够整合scRNA-seq和scATAC-seq, 主要体现在: 基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq的细胞进行聚类 scRNA-seq和scATAC-seq共嵌入(co-embed)分析 整合步骤包括如下步骤: 从ATAC-seq中估计RNA-seq表达水平,即从ATAC-seq reads定量基因表达活跃度 ...
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...