数据比对:scATAC-seq数据比对通常需要使用比对软件如Bowtie2、BWA等将reads比对到参考基因组上。 信号矩阵生成:在比对后,根据reads的位置和大小信息,生成信号矩阵(count matrix),用于后续的分析。常用的工具有MACS2、SAMtools等。 细胞聚类和降维:使用聚类和降维算法,如PCA、t-SNE和UMAP等,将单个细胞分为不同的簇,...
ATAC-seq是通过使用转座酶打开染色质,使ATAC-seq测序数据中更容易获得开放染色质区域。但是,由于核小体的存在,染色质某些区域会被核小体所保护,从而阻碍转座酶的结合和DNA的开放。因此,ATAC-seq测序数据中,具有核小体保护的区域通常表现出较低的ATAC-seq信号。ATAC-seq是通过使用转座酶打开染色质,使ATAC-seq测序数...
之后,我们就可以在UMAP上检查预测的细胞类型的分布,检查细胞类型在scRNA-seq和scATAC-seq中的相对位置 pbmc.atac.filtered<-subset(pbmc.atac,subset=prediction.score.max>0.5)pbmc.atac.filtered$predicted.id<-factor(pbmc.atac.filtered$predicted.id,levels=levels(pbmc.rna))# to make the colors matchp1<-Dim...
scATAC-seq分析流程包含数据预处理、质量控制、比对、单细胞分析、聚类与可视化等多个步骤。首先，通过数据预处理去除低质量reads和PCR扩增偏差，确保数据质量。接着，利用Bowtie2或BWA软件进行比对，将reads与参考基因组进行匹配。在比对后，通过MACS2或SAMtools生成信号矩阵，用以后续分析。之后，采用PCA、t...
ScATAC-seq实验流程 总的来说,ScATAC-Seq实验包括以下几个部分:制备单细胞悬液→细胞破碎提核→单细胞核分选→文库构建→上机测序。具体实验流程如下: 1 样本:您可以提供单细胞悬液(活性>80%),或直接提供新鲜组织样本和冻存组织样本,由我们制备单细胞悬液进行检测。 2 提核:利用表面活性剂破坏样本细胞膜进行细胞...
三、scATAC-seq的技术流程 1. 细胞样本的准备 在进行scATAC-seq之前,首先需要准备单细胞样本。可以通过细胞分选技术如流式细胞术等,获得单细胞悬浊液。 2. 单细胞核提取 接下来,需要对单细胞进行核提取,以获得单细胞核提取物。这个步骤可以通过微操作进行,确保每个单细胞都能获得完整的核提取物。 3. 转座酶介导的...
将预测的细胞类型标签添加至pbmc的metadata当中后,我们可以分别绘制基于scATAC-seq和scRNA-seq数据的umap图。 #scRNA细胞类型umapplot_rna<- DimPlot( object = pbmc_rna, group.by = ''celltype'', label = TRUE, repel = TRUE) + NoLegend() + ggtitle(''scRNA-seq'')#scATAC细胞类型umapplot_atac <-...
达普生物单细胞表观组(scATAC-seq)试剂盒产品的发布,打响了国产自研单细胞表观组学产品正式进入单细胞表观组学领域的第一枪,将协同达普生物自主开发的单细胞转录组测序产品,共同为国产单细胞测序产品在市场中开疆拓土! 单细胞表观组(scATAC-seq)试剂盒产品 ...
scATAC数据分析流程(上) scATAC数据分析流程(下) 下游处理一共有8个steps,每个step我都会在代码块里写上详细的注释 代码和测试数据在:https://github.com/greenleaflab/10x-scatac-2019 每个step的结构是:先把完整的代码运行一遍,然后再分步分析每一步做了什么 Seurat的scATAC-seq分析流程:https://blog.csdn.net...
10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。