在此之前,scRNA-seq需要将cDNA酶切至合适的片段长度,而scATAC-seq的片段不进行打碎,接上Sample index和P7序列后进行扩增。 最后上机测序。scRNAseq如果是3‘单端测序,Read2读取最近的100bp读长,而Read1只读取16bp的细胞barcode序列和10bp的UMI序列,共26bp。scATAC-seq则用双末端测序,读长一般不低于45bp[3]。 s...
总的来说,ScATAC-seq能在基因组水平上帮助我们了解细胞的转录调控过程,揭示不同调控因子位点,从表观遗传学的角度来解析基因信息。ScATAC-seq在开放染色质图谱绘制,细胞分化发育,疾病的致病机制,肿瘤微环境、生物标志物等方面具有极大的应用前景。 要了解ScATAC-seq,首先我们要知道什么是ATAC-seq。ATAC-seq(Assay for ...
超详细0基础也能听懂的10x单细胞ATAC-Seq建库及测序原理生信单细胞入门ing如有版权问题请联系我, 视频播放量 2239、弹幕量 0、点赞数 52、投硬币枚数 29、收藏人数 129、转发人数 14, 视频作者 green笑笑笑, 作者简介 老板的牛马,相关视频:单细胞转录组全流程代码,存下吧
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。 图1 自2018年以来1...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。
总的来说,ScATAC-seq能在基因组水平上帮助我们了解细胞的转录调控过程,揭示不同调控因子位点,从表观遗传学的角度来解析基因信息。ScATAC-seq在开放染色质图谱绘制,细胞分化发育,疾病的致病机制,肿瘤微环境、生物标志物等方面具有极大的应用前景。 要了解ScATAC-seq,首先我们要知道什么是ATAC-seq。ATAC-seq(Assay for...
要了解scatacseq首先我们要知道什么是atacseqatacseqassayfortransposaseaccessiblechromatinwithhighthroughputsequencing是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术通俗来说就是基于染色质可及性的特点将携带测序信息的tn5转座酶插入染色质中由于转座酶只能剪切染色质开放区域并标记dna序列再进行高通量测序就能获得相关基因...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。 scRNA-seq通过结合cDNA的PolyA尾进行扩增,而scATAC-seq的DNA片段...
ATAC-seq是把所有实验细胞看作了一个整体,获得所有细胞混合的基因信息。ScATAC-seq是在ATAC-seq的基础上,进行细胞核的分选和标记,通过barcode识别细胞核,解决了不同细胞群体的异质性的问题,能够检测出混杂样品测序所无法得到的异质性信息。 ●●● ScATAC-seq 细胞核的捕获和标记 ●●● ...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。