scATAC-seq技术的分析流程包括数据预处理、质控、对齐、单细胞分析、聚类和可视化等步骤。 以下是scATAC-seq分析流程的一般步骤: 数据预处理:包括数据质量控制,去除低质量reads、PCR扩增偏差等,通常使用软件如FastQC、Trimmomatic等进行数据预处理。 数据比对:scATAC-seq数据比对通常需要使用比
并根据scATAC-seq数据创建一个新的gene活性表格,我们在这里仅采用一种简单的方法:sum统计与基因体和启动子区域重叠的fragement的个数为了创建gene活性表达矩阵,我们提取每个gene的坐标并延长至其上游的2kb区域,然后我们统计每个细胞中映射到上述区域的fragement数目,这一步可以使用FeatureMatrix()函数来进行,但是这步已经...
总的来说,ScATAC-Seq实验包括以下几个部分:制备单细胞悬液→细胞破碎提核→单细胞核分选→文库构建→上机测序。具体实验流程如下:
scATAC-seq分析流程包含数据预处理、质量控制、比对、单细胞分析、聚类与可视化等多个步骤。首先，通过数据预处理去除低质量reads和PCR扩增偏差，确保数据质量。接着，利用Bowtie2或BWA软件进行比对，将reads与参考基因组进行匹配。在比对后，通过MACS2或SAMtools生成信号矩阵，用以后续分析。之后，采用PCA、t...
最后,如果你想将所有的细胞一同展示,可以将scRNA-seq和scATAC-seq数据嵌入到相同的低维空间。 我们使用之前的锚点从scATAC-seq细胞中推断RNA-seq的值,后续分析就相当于两个单细胞数据的分析流程。 注意: 这一步只是为了可视化,其实不做也行。 选择用于估计的基因,可以是高变动基因,也可以是所有基因。
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...
软件名称 多样本scATAC-seq数据分析流程软件 软件简称 ADAM 版本号 V1.0 登记号 2023SR0880386 分类号 - 著作权人 深圳华大生命科学研究院 首次发表日期 - 登记日期 2023-08-02 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 1 2025-04-24 时空组学转录组报告生成软件 HandleReport 2025SR06705...
使用安全方便,分析流程具有简便新颖性,先对scrna-seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scatac-seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过couplednmf联合分析,另外我们将couplednmf原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行...
ScATAC-seq——原理及实验流程大起底要了解scatacseq首先我们要知道什么是atacseqatacseqassayfortransposaseaccessiblechromatinwithhighthroughputsequencing是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术通俗来说就是基于染色质可及性的特点将携带测序信息的tn5转座酶插入染色质中由于转座酶只能剪切染色质开放区域并标记dna...
ScATAC-seq实验流程 总的来说,ScATAC-Seq实验包括以下几个部分:制备单细胞悬液→细胞破碎提核→单细胞核分选→文库构建→上机测序。具体实验流程如下: 1 样本:您可以提供单细胞悬液(活性>80%),或直接提供新鲜组织样本和冻存组织样本,由我们制备单细胞悬液进行检测。