以下是scATAC-seq分析流程的一般步骤: 数据预处理:包括数据质量控制,去除低质量reads、PCR扩增偏差等,通常使用软件如FastQC、Trimmomatic等进行数据预处理。 数据比对:scATAC-seq数据比对通常需要使用比对软件如Bowtie2、BWA等将reads比对到参考基因组上。 信号矩阵生成:在比对后,根据reads的位置和大小信息,生成信号矩阵(c...
scATAC-seq流程 知行合一 平权主义,讨厌极端男权和极端女权1.下载数据:atac_v1_pbmc_10k_singlecell.csv,atac_v1_pbmc_10k_filtered_peak_bc_matrix.h5,atac_v1_pbmc_10k_fragments.tsv.gz 2.加载包运行这些: library(EnsDb.Hsapiens.v75) library(patchwork) library(Signac) library(Seurat) library(ggplot2...
将scRNA-seq和scATAC-seq共同展示,对一些骨髓(myeloid)和淋巴(lymphoid)PBMC中比较常见的聚类,其实是能从图中看出来。 p1<-DimPlot(pbmc.atac,reduction="tsne")+NoLegend()+ggtitle("scATAC-seq")p2<-DimPlot(pbmc.rna,group.by="celltype",reduction="tsne",label=TRUE,repel=TRUE)+NoLegend()+ggtitle("sc...
scATAC-seq分析流程包含数据预处理、质量控制、比对、单细胞分析、聚类与可视化等多个步骤。首先，通过数据预处理去除低质量reads和PCR扩增偏差，确保数据质量。接着，利用Bowtie2或BWA软件进行比对，将reads与参考基因组进行匹配。在比对后，通过MACS2或SAMtools生成信号矩阵，用以后续分析。之后，采用PCA、t...
ScATAC-seq实验流程 总的来说,ScATAC-Seq实验包括以下几个部分:制备单细胞悬液→细胞破碎提核→单细胞核分选→文库构建→上机测序。具体实验流程如下: 1 样本:您可以提供单细胞悬液(活性>80%),或直接提供新鲜组织样本和冻存组织样本,由我们制备单细胞悬液进行检测。 2 提核:利用表面活性剂破坏样本细胞膜进行细胞...
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...
软件名称多样本scATAC-seq数据分析流程软件 软件简称ADAM版本号V1.0 登记号2023SR0880386分类号- 著作权人深圳华大生命科学研究院首次发表日期- 登记日期2023-08-02 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-11-07Stereo-seq时空转录组共表达网络分析软件STGM2024SR1722782V1.0 ...
使用安全方便,分析流程具有简便新颖性,先对scrna-seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scatac-seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过couplednmf联合分析,另外我们将couplednmf原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行...
这时候,一个液滴=一个beads=一个细胞核=一个ATAC-seq,对酶切后的短片段进行PCR扩增反应。最后去除油滴,所有的序列混合在一起,进行上机测序。 总的来说,ScATAC-Seq实验包括以下几个部分:制备单细胞悬液→细胞破碎提核→单细胞核分选→文库构建→上机测序。具体实验流程如下:...
最后,如果你想将所有的细胞一同展示,可以将scRNA-seq和scATAC-seq数据嵌入到相同的低维空间。 我们使用之前的锚点从scATAC-seq细胞中推断RNA-seq的值,后续分析就相当于两个单细胞数据的分析流程。 注意: 这一步只是为了可视化,其实不做也行。 选择用于估计的基因,可以是高变动基因,也可以是所有基因。