研究团队对8种不同的scATAC-seq方法进行了系统的多中心基准研究,包括10x Genomics scATAC-seq (v1, v1.1, v2,multiome,mtscATAC)、Bio-Rad ddSEQ、HyDrop和s3-ATAC。 实验设计示意图 每次5,000个细胞实验的预计成本 染色质片段捕获和测序效率 scATAC-seq测序实验通常效率很低,应执行方案优化步骤,以最大限度地...
在灵敏度方面,10x v2表现最佳,平均每个细胞峰中回收10,021个独特片段,显著高于 Bio-Rad ddSEQ (4,228)、HyDrop (1,180) 和s3-ATAC (1,203) 。TSS富集在不同方法中也存在显著分层,10x v1.1、mtscATAC 和s3-ATAC得分≤ 21.7,10x v1、v2、multiome和HyDrop样本得分在25.2至27.6 之间,Bio-Rad ddSEQ得分平...
通过这种方法,我们可以为每个细胞在 scRNA-seq 定义的每个聚类标签下得到一个分类评分。 在本例中,我们加载了一个由 10x Genomics 提供的经过预处理的人类 PBMC 的 scRNA-seq 数据集。你可以从 10x Genomics 的官方网站下载这项实验的原始数据,也可以在GitHub上查看构建该数据对象所使用的代码。此外,你还可以直接...
counts <- Read10X_h5(filename = "D:/R/Signac.pipeline/data/atac_v1_pbmc_10k_filtered_peak_bc_matrix.h5") # ATAC-seq的数据(peak和fragment)被整合并储存在一种特殊的assays(ChromatinAssay) chrom_assay <- CreateChromatinAssay( counts = counts, sep = c(":", "-"), genome = 'hg19', f...
首先，其中一个数据集是利用10x Genomics的多组学技术获得的，涵盖了每个细胞的DNA可及性和基因表达信息。另一部分数据则采用了单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，仅包含DNA可及性的一些细节。在整合这两个数据集时，借助Seurat软件包的工具，研究者依据两个数据集共有的DNA可及性检测方法进行合并。在进入实际预处理...
为了全面评估不同细胞类型的顺式调节变异,使用10X Genomics平台进行了单细胞染色质可及性(scATAC-seq)分析(图1A)。从从小鼠新鲜切除的3对原发肿瘤样本和肝转移肿瘤样本中分离出单细胞(图1B)。在这些小鼠中,在盲肠处进行了PDX CRC细胞HCC022的原位注射(图1A)。总共获得了43650个单细胞,包括39131个人类细胞和4519...
10x单细胞多组学ATAC + 10x基因表达研究方案(scATAC-seq+scRNA-seq),可通过一个简单的流程将同一单细胞的基因表达和ATAC-seq数据相整合,获得转录图谱和染色质景观的一体化视图。以单细胞核悬液作为起始样本,对大量细胞核进行转座,之后将单个细胞核捕获在GEM中,其中DNA片段和mRNA的3’端都带有条形码。从每个样本生成...
为了建立mtscATAC-seq技术，作者们首先对业内广泛使用的10x Genomics平台中基于液滴的scATAC-seq技术的工作流程进行优化。根据最近的研究，基于液滴的scATAC-seq技术能够在每个实验组中对数千个细胞的染色质可及性进行分析【2】。因此，通过对该实验流程的优化可能有助于富集转座酶可及性的线粒体DNA。但是目前的实验...
在本教学指南中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞(PBMCs)的单细胞ATAC-seq数据集。 加载包 首先加载 Signac、Seurat 和我们将用于分析人类数据的其他一些包。 if(!requireNamespace("EnsDb.Hsapiens.v75",quietly=TRUE))BiocManager::install("EnsDb.Hsapiens.v75")library(Signac)library(Seurat...
wget https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-atac/1.0.1/atac_v1_pbmc_10k/atac_v1_pbmc_10k_fragments.tsv.gz.tbi 加载包 首先加载 Signac、Seurat 和我们将用于分析人类数据的其他一些包。 if(!requireNamespace("EnsDb.Hsapiens.v75",quietly=TRUE))BiocManager::install("EnsDb.Hsapiens.v75")library(...