10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
通过10x Genomics的多组学技术，科学家们获得了涵盖基因表达和DNA可及性信息的数据，而单细胞ATAC测序（scATAC-seq）则提供了关于DNA可及性的独特视角。这一系列工作背后，离不开Seurat软件包的强大工具支持，让看似复杂的数据整合变得井然有序。科学的探索就像一场没有终点的旅程，每一步都需要扎实的基础。在整合数据...
点击Send to,选择File,Format选择Accession List,点击Create File,下载自己要下载的SRR号列表 image.png cat SRR_Acc_List_scATAC.txt |while read id;do (prefetch -X 100G $id &);done #后台下载 参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/563699865 SRR转fastq # 单样本 nohup fasterq-dump --split-3 SRR6...
10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。 实验建库流程 ...
接着将scATAC-seq和scRNA-seq数据整合,两种测序数据在降维图上的重叠,说明了scATAC-seq在捕获细胞类型上是与scRNA-seq数据一致(图4a,底部)。其次,研究者使用 scATAC-seq 的基因活性来构建皮质细胞的发育轨迹树,可以根据取样时间和细胞分化状态进行拟时间排列(图4b、c),这结果与包含相同三个时间点的scRNA-seq的轨迹...
wget https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-arc/1.0.0/pbmc_granulocyte_sorted_10k/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5 wget https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-arc/1.0.0/pbmc_granulocyte_sorted_10k/pbmc_granulocyte_sorted_10k_atac_fragments.tsv.gz wget https://cf....
接着将scATAC-seq和scRNA-seq数据整合,两种测序数据在降维图上的重叠,说明了scATAC-seq在捕获细胞类型上是与scRNA-seq数据一致(图4a,底部)。其次,研究者使用 scATAC-seq 的基因活性来构建皮质细胞的发育轨迹树,可以根据取样时间和细胞分化状态进行拟时间排列(图4b、c),这结果与包含相同三个时间点的scRNA-seq的轨迹...
另外,研究团队通过整合scATAC-seq和scRNA-seq,进一步鉴定出两个非常重要的顺式调控元件(CREs):TCP motif和TCP-like motif;并发现它们可与转录因子GhTCP14结合,可能通过调控纤维细胞中近1/3的高表达基因来节律性地调节棉纤维细胞的线粒体能量代谢和蛋白质翻译系统。
图1 scATAC-seq捕获流程 产品特点 高通量: 10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用微流控和凝胶珠技术,可一次性获得成千上万细胞核中的表观遗传信息。一步建库省去后期酶切、加尾、连接的时间,通量高、周期短。 精确: 10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用barcode精确标记每个细胞核和核内DNA,在单细胞水平揭示细胞核...
最近,越来越多的证据表明,在其他单细胞探针中,包括scATAC-seq和全长scRNA-seq(例如SMART-seq2),在核和线粒体基因组上也可以观察到体细胞突变的一个子集。另一方面,生殖系变异(又称单核苷酸多态性,SNPs)在单细胞测序数据中被更广泛地观察到,即使是在液滴为基础的平台上,如10XGenomics,这要归功于庞大的候选列表...