10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
通过10x Genomics的多组学技术，科学家们获得了涵盖基因表达和DNA可及性信息的数据，而单细胞ATAC测序（scATAC-seq）则提供了关于DNA可及性的独特视角。这一系列工作背后，离不开Seurat软件包的强大工具支持，让看似复杂的数据整合变得井然有序。科学的探索就像一场没有终点的旅程，每一步都需要扎实的基础。在整合数据...
点击Send to,选择File,Format选择Accession List,点击Create File,下载自己要下载的SRR号列表 image.png cat SRR_Acc_List_scATAC.txt |while read id;do (prefetch -X 100G $id &);done #后台下载 参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/563699865 SRR转fastq # 单样本 nohup fasterq-dump --split-3 SRR6...
接着将scATAC-seq和scRNA-seq数据整合,两种测序数据在降维图上的重叠,说明了scATAC-seq在捕获细胞类型上是与scRNA-seq数据一致(图4a,底部)。其次,研究者使用 scATAC-seq 的基因活性来构建皮质细胞的发育轨迹树,可以根据取样时间和细胞分化状态进行拟时间排列(图4b、c),这结果与包含相同三个时间点的scRNA-seq的轨迹...
//cf.10xgenomics.com/samples/cell-arc/1.0.0/pbmc_granulocyte_sorted_10k/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5 wget https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-arc/1.0.0/pbmc_granulocyte_sorted_10k/pbmc_granulocyte_sorted_10k_atac_fragments.tsv.gz wget https://cf.10xgenomics....
图1 scATAC-seq捕获流程 产品特点 高通量: 10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用微流控和凝胶珠技术,可一次性获得成千上万细胞核中的表观遗传信息。一步建库省去后期酶切、加尾、连接的时间,通量高、周期短。 精确: 10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用barcode精确标记每个细胞核和核内DNA,在单细胞水平揭示细胞核...
2019年7月1日-8月14日,短短的一个半月10x genomics单细胞测序文章已发表48篇,平均每天一篇,其中10分以上70%,20分以上50%,平均影响因子21.76分。作为目前最热的技术,越早做,发高分文章机会越大! 表1 部分单细胞测序高分文章 上周我们介绍了10xGenomics单细胞免疫组库测序,本周趁热打铁,为大家带来10x单细胞ATAC...
接着将scATAC-seq和scRNA-seq数据整合,两种测序数据在降维图上的重叠,说明了scATAC-seq在捕获细胞类型上是与scRNA-seq数据一致(图4a,底部)。其次,研究者使用 scATAC-seq 的基因活性来构建皮质细胞的发育轨迹树,可以根据取样时间和细胞分化状态进行拟时间排列(图4b、c),这结果与包含相同三个时间点的scRNA-seq的轨迹...
目前,越来越多的植物利用10x Genomics单细胞及空间转录组技术进行生命奥妙的探索。在3月14日,武汉大学生命科学学院王坤教授和周宇教授团队合作在Genome Biol...
2019年7月1日-8月14日,短短的一个半月10x genomics单细胞测序文章已发表48篇,平均每天一篇,其中10分以上70%,20分以上50%,平均影响因子21.76分。作为目前最热的技术,越早做,发高分文章机会越大! 表1 部分单细胞测序高分文章 上周我们介绍了10xGenomics单细胞免疫组库测序,本周趁热打铁,为大家带来10x单细胞ATAC...