ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。通过研究特定状态下开放染色质,可以在DNA水平研究基因转录调控。
这样来自同一细胞或细胞核的所有片段都共享一种10x barcode。将成千上万个细胞的带有barcode的产物混合,进行下游反应,从而产生与短读长测序仪兼容的文库。在测序后,生物信息分析工具将利用可识别的barcode序列将测序片段定位到原本的单细胞或细胞核。 基于Next GEM技术的10x Genomics单细胞技术原理及工作流程...
cat SRR_Acc_List_scATAC.txt |while read id;do (prefetch -X 100G $id &);done #后台下载 参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/563699865 SRR转fastq # 单样本 nohup fasterq-dump --split-3 SRR6382584 & #将双端测序文件拆分为两个reads # 循环跑多样本 for folder in SRR*; do nohup fasterq-...
1、登陆官方网址下载 https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads/eula?closeUrl=%2Fsupport%2Fsoftware%2Fcell-ranger&lastTouchOfferName=Cell%20Ranger&lastTouchOfferType=Software%20Download&product=chromium&redirectUrl=%2Fsupport%2Fsoftware%2Fcell-ranger%2Fdownloads 在右侧填写信息,...
ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。通过研究特定状态下开放染色质,可以在DNA水平研究基因转录调控。 传统的寻找全基因组范围内开放的染色质...
这样来自同一细胞或细胞核的所有片段都共享一种10x barcode。将成千上万个细胞的带有barcode的产物混合,进行下游反应,从而产生与短读长测序仪兼容的文库。在测序后,生物信息分析工具将利用可识别的barcode序列将测序片段定位到原本的单细胞或细胞核。 基于Next GEM技术的10x Genomics单细胞技术原理及工作流程...
空间转录组测序 10x Genomics单细胞3'转录组+ATAC测序 背景介绍 单细胞测序是近年来生物学领域最火的技术之一,凭借其极高的分辨率能够精准的剖析样本细胞组成信息,进而揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,并反映细胞间的异质性。另外,现有单细胞平台可以一次性分离几千个单细胞,有助于发现新的细胞类型。随着单细胞...