单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
方法：10x Genomics高通量单细胞转录组测序（由欧易生物提供技术支持）研究背景 本研究首次通过scRNA-seq分析了免疫细胞和基质细胞在宫颈癌进展过程中转录状态的变化，包括正常组织、HSIL、肿瘤和淋巴结转移灶。本研究将有助于更深入地了解宫颈癌进展过程中TME的细胞特征，并有助于开发抑制宫颈癌的起始和进展的新治疗方法...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
scRNA-seq的基本工作流程是将细胞群分离成单个细胞,分离其mRNA,通过逆转录生成标记的cDNA,制备测序文库,然后进行标准的短读长测序。随着人们对scRNA-seq的兴趣日益浓厚,已经开发了多种技术来满足用户的需求。最流行的方法之一是 10x Genomics Chromium 单细胞转录组3'基因表达试剂盒。该试剂盒的工作流程如图 1 所示。...
方法：10x Genomics高通量单细胞转录组测序 研究目的 子宫内膜是播种生命的“土壤”。然而，子宫内膜损伤和宫腔粘连会让这片“土壤”变得贫瘠，从而导致不孕症。宫腔粘连（Intrauterine Adhesions，IUA）又称Asheman综合征，是由于各种原因导致的子宫内膜损伤，引起宫腔纤维化粘连，使宫腔部分或全部闭塞。目前，IUA治疗的...
RNA-seq测序原理 基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。
10X Genomics：6000-10000细胞，2+万元；BD Rhapsody：6000-10000细胞，1.8+万元。成熟的商业化平台优势明显。测序数据质量 由于Fluidigm C1几乎只有土豪使用，因此我们主要比较后两者。从现有数据来看，很难比较两种技术的优劣，而且两种技术都在主流高IF期刊上有可信的数据发表，并且都与Smart-Seq数据的结果存在比较，...
10X genomics ScRNA-seq数据的分析,属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤(图1)。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外,后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容,我们下文来一一解析。 图1 基础分析步骤 细胞过滤
10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC。这篇文章将主要简述10X Genomics在单细胞基因表达检测方面,也就是scRNA-seq上的应用。
结合57 种已知健康眼细胞类型和 15 种健康眼外细胞类型(包括血液和肝细胞)的 82,072 个单细胞的 scRNA-seq 数据进行整合分析,发现99.5%(5,923)的蛋白在RNA-seq数据中确认了相应基因的表达,其中99.4%(5,887)蛋白的基因在眼睛中局部表达。多组学数据同时还整合鉴定了 1,920 种细胞类型标记蛋白,这些标记蛋白在...