图片出处:一图追踪scRNA-seq近15年的发展历程 单细胞测序与传统的混合测序(Bulk sequencing)的最大不同之一就是:单细胞测序需要额外的捕获/分选步骤,测序文库是建立在一个细胞而非一群细胞上的。我们以最常见的10x Genomics为例: 10x Genomics 单细胞平台由于其成本优势和通量优势,在市场上处于绝对优势。10x Genomic...
Resolving the heterogeneous population kinetics in dentate gyrus development. 为了测试 scVelo 的速度估计是否允许识别更复杂的种群动力学,分析考虑了来自发育中的小鼠齿状回的 scRNA-seq 实验,该实验包括两个时间点(P12 和 P35),使用基于液滴的 scRNA-seq(10x Genomics Chromium Single 细胞试剂盒 V1)。 最初的...
有一个方法,which is strongly recommended for all scRNA-seq实验,那就是使用spike-in,而spike-in最广泛的就是ERCC。有些实验的protocol,使用3‘或5’端的特征序列(unique melocular identifier, UMI)来当barcode,但还是同时加上spike-in的好,加上spike-in之后,这种实验方法可以帮助后期分析绕开扩增中产生的biases...
高通量单细胞RNA测序(scRNA-seq)已成为探索复杂人类癌症中细胞异质性的有力工具。使用新鲜人类手术组织的scRNA-seq研究在逻辑上是困难的,排除了样本的组织病理学分诊,并限制了进行批处理的能力。这种阻碍往往会在整合患者数据集时引入技术偏倚,增加实验成本。尽管之前已经探索了组织保存方法来解决这类问题,但它尚待在...
对于10X Genomics ScRNA-seq,常见的定制化分析请见下表。从表中可以看出,对基础分析内容基于生物学背景进行解析,是后续定制分析的基础,必须由生信公司与客户通力配合才能做好。 表1 四种定制分析以及依赖的生物学背景信息 目标亚群进一步细分 过去对细胞的定义,由于只是基于形态学或少量分析标记,所以对细胞的鉴定精度只能...
2. 10X Genomics scRNA-seq 基础知识 2.png 10X Genomics技术原理 通过利用微流体“双十字交叉系统”,获得GEM(Gel Bead in Emulsion),收集GEMs后,微磁珠释放Barcoded标记每个细胞,随后构建文库进行测序。 3.png GEM(Gel Bead in Emulsion)是指油滴包裹的,含有Barcode的Gel Beads和细胞、反应试剂的混合物。
然而,目前的蛋白质组学分析方法无法以细胞分辨率解析蛋白质。尽管单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学可以描述细胞分辨率下的基因表达,但它们要么需要进行组织活检,要么只能用于离体组织。此外,人们也无法判断任何给定的mRNA是否被翻译成蛋白质,这使得从细胞水平评估蛋白质组与人类疾病的相关性具有挑战性。
##fastq文件名字要改为SRR6230316_S1_L001_R1_001.fastq.gz cellranger count --id=xx --transcriptome=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/refdata-cellranger-mm10-2.1.0 --fastqs=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/2018-9-5-scRNA-seq/NP_2_fastq --sample=SRR6230316 --local...
「深圳市易基因科技」单细胞转录组：Smart-seq 2还是10x GenomicsChromium?应用单细胞测序技术研究科学问题...
10X genomics scRNA_Seq 原理概念解说 单细胞分离--测序原理 10X Genomics采用Drop-Seq技术, 横向孔道逐个导入凝胶微珠Gel beads,第一个纵向道输入细胞。当凝胶微珠和细胞碰撞会被吸附在微珠上,然后通过微流控技术运送到第二个纵向通道(“油管”)。这时就会形成一个个的油滴GEMs(一个油滴就是一个凝胶微珠,也...