测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
测序得到的原始数据我们称之为Raw reads,之后我们会根据10X Genomics单细胞RNA-Seq独特的文库结构,对Reads的Barcode 、 UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果,进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果,进行KEG...
6、和ilummina平台关系紧密,可以收10×genomics设备用来捕获单细胞,测序在ilumina平台测序。 7、细胞破碎后,样本混合在一起测序,通过barcode来识别细胞,有多少barcode就有多少细胞。每个细胞里面有多少条UMI就测了多少条reads。 8、注意用新鲜组织细胞,若细胞死亡裂解,凝胶珠会捕捉游离的RNA。 好了小果今天关于10×gen...
RNA-seq方法可应用到许多方面,包括单细胞基因表达、翻译组、RNA结构组和空间转录组学。其中单细胞转录组测序(scRNA-seq)是传统RNA-seq工作流的一个转折点,该技术将对细胞基因表达的分析推进到了单细胞层次,允许研究人员分析混合细胞群中的微小差异,其中可能只有一小部分细胞驱动观察到的表型。scRNA-seq方法还允许根据...
single cell RNA-seq的barcode这么神奇,我们结合10x Genomics的说明书一起来分步骤详解一下。 先来看看这些区段都是用来做什么的。 由内向外: Poly(dT):用来和polyA结合,捕获mRNA UMI:用来标记不同的PCR产物(数count) 10xBarcode:用来标记不同的细胞
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
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图1 UHRR(Universal Human Reference RNA,通用人参考RNA)基因饱和度分析 左边是全长转录组测序对应的reads数,1,2,3分别代表1个cell,2个cell,3个cell。以现有sequel测序的通量,1个cell测序(约20W reads)仅能检测到约62%的基因,随着测序数据量的提升,检测到的基因数目可以提升,相应的测序成本也会大幅提高。
10X genomics ScRNA-seq数据的分析,属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤(图1)。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外,后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容,我们下文来一一解析。 图1 基础分析步骤 细胞过滤
single cell RNA-seq的barcode这么神奇,我们结合10x Genomics的说明书一起来分步骤详解一下。 图片.png 先来看看这些区段都是用来做什么的。 由内向外: Poly(dT):用来和polyA结合,捕获mRNA UMI:用来标记不同的PCR产物(数count) 10xBarcode:用来标记不同的细胞 ...