单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实...
基于10X Genomics平台的高通量单细胞RNA-Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。 图1 10X Genomics技术原理示意图 10X Genomics平台的...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
6)价格优惠:相较于其他单细胞平台,如Fluidigm C1平台、Illumina BioRad Single CellSolution平台或传统手工扩增方法等,价格大幅优惠。 RNA-seq测序原理 基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)...
图1 UHRR(Universal Human Reference RNA,通用人参考RNA)基因饱和度分析 左边是全长转录组测序对应的reads数,1,2,3分别代表1个cell,2个cell,3个cell。以现有sequel测序的通量,1个cell测序(约20W reads)仅能检测到约62%的基因,随着测序数据量的提升,检测到的基因数目可以提升,相应的测序成本也会大幅提高。
single cell RNA-seq的barcode这么神奇,我们结合10x Genomics的说明书一起来分步骤详解一下。 先来看看这些区段都是用来做什么的。 由内向外: Poly(dT):用来和polyA结合,捕获mRNA UMI:用来标记不同的PCR产物(数count) 10xBarcode:用来标记不同的细胞
single cell RNA-seq的barcode这么神奇,我们结合10x Genomics的说明书一起来分步骤详解一下。 先来看看这些区段都是用来做什么的。 由内向外: Poly(dT):用来和polyA结合,捕获mRNA UMI:用来标记不同的PCR产物(数count) 10xBarcode:用来标记不同的细胞
1. 单细胞RNA测序 (single cell RNA sequencing,以下简称scRNA-seq)数据质控和归一化(Normalization),其实主要是归一化。 次要还涉及了以下问题: 2. 单细胞测序应该测多少深度合适,即测几个G的数据量。 3. 批次效应(batch effect)的问题。 另外,我在另一篇文章中看到的,也很有意思: ...
10x Genomics已发表文献统计 01-文章题目:Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 发表期刊:Plant Physiology 影响因子:6.902 发表时间:2019年2月4日 发表单位:美国密歇根大学 单细胞RNA测序(scRNA-seq)已广泛应用于动物细胞异质性的研究,但尚未广泛应用于植物的相关研究...