单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实...
单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
4.Valid UMIs：有效的UMI数占总的reads的比例；5.Sequencing Saturation：测序饱和度；就是在当前测序深...
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
10x Genomics已发表文献统计 01-文章题目:Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 发表期刊:Plant Physiology 影响因子:6.902 发表时间:2019年2月4日 发表单位:美国密歇根大学 单细胞RNA测序(scRNA-seq)已广泛应用于动物细胞异质性的研究,但尚未广泛应用于植物的相关研究...
近年来,随着10X Genomics等单细胞平台技术的逐渐成熟,单细胞测序在医学相关领域的应用得到迅速发展。在Cell、Nature和Science等顶级期刊上,每个月都会有单细胞测序相关的研究文章发表。但在植物研究领域,受样本取材的限制和植物“异质性”的不足,植物单细胞测序的文章鲜有发表。
图7. 10x Genomics Chromium Single Cell 3’ Gene Expression Library Ref1 Ref2 本文的3个知识点总结 Why single-cell sequencing is useful? The number of cells in 3’ scRNA-seq What information is stored in R1 and R2, respectively? 更详细的背景介绍参考:单细胞测序(scRNA-seq)通关||数据处理必知...
1. C. Gawad, W. Koh, S.R. Quake, Single-cell genome sequencing: current state of the science, Nature Reviews Genetics 17(3) (2016) 175. 2. Andor N et al.Joint single cell DNA-Seq and RNA-Seq of gastric cancer reveals subclonal signatures of genomic instability and gene expression....
10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC。这篇文章将主要简述10X Genomics在单细胞基因表达检测方面,也就是scRNA-seq上的应用。