Single Cell Sequencing技术，利用优化后的高通量测序技术（NGS，Next Generation Sequencing）分析每一个单个细胞的序列信息，从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。也许有人理解的单细胞测序是仅仅对一个细胞进行测序，其实不是，而是说该项技术能对单一细胞的基因组或转录组进行测序，可以...
单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
这一篇分享一个推断细胞网络的方法,ccNET,文章在Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε−neighborhood network,ccNET是一个高效的 scRNA-seq 分析框架,该框架通过非均匀 ε-邻域 (NEN) 网络一致地完成三个目标。 首先,NEN 方法生成了一个网络,它结合了 k 近邻 (KNN) 和ε-邻域 (...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到,其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述,这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine》杂志,标题是:《Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses》,链接是:https://www.nature...
1.提取单细胞RNA并转录测序需要先对细胞进行分离和捕获。 Extraction of single-cell RNA and transcription sequencing requires separation and capture of cells. 2.分离捕获的单细胞需要经过裂解和提取RNA。 The separated and captured single cells need to undergo lysis and RNA extraction. 3.接下来对RNA样本进...
10x Genomics Single-Cell RNA-Seq Experimental Workflow Introduction: Single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) has revolutionized our understanding of cellular heterogeneity and gene expression profiles at an unprecedented scale. 10x Genomics, with its innovative Chromium technology, has simplified and scaled...
Ziegenhain, C., et al., Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods. Mol Cell, 2017. 65(4): p. 631-643 e4. Vieth, B., et al., A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines. Na...
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
Single Cell 5' v2 Dual Index Gene Expression Libraries Recommended Sequencing: Minimum 20,000 read pairs/cell* Dual-Indexed Sequencing Run: Single Cell 5' v2 Dual Index libraries are dual-indexed. We do not recommend sequencing 10x Single Cell 5’ v2 Dual Index libraries with...