单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实...
Single Cell Sequencing技术，利用优化后的高通量测序技术（NGS，Next Generation Sequencing）分析每一个单个细胞的序列信息，从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。也许有人理解的单细胞测序是仅仅对一个细胞进行测序，其实不是，而是说该项技术能对单一细胞的基因组或转录组进行测序，可以...
Single Cell Sequencing技术,利用优化后的高通量测序技术(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一个单个细胞的序列信息,从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。 也许有人理解的单细胞测序是仅仅对一个细胞进行测序,其实不是,而是说该项技术能对单一细胞的基因组或转录组进行测序,可以理解为...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到,其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述,这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine》杂志,标题是:《Single-cell sequencing techniques from i...
比较项目Smart-seq210x Genomics Chromium 细胞通量低（通常每次96个细胞）高（每次可测数千个细胞）测序...
5.Sequencing Saturation：测序饱和度；就是在当前测序深度情况下，有多少比例的捕获到的mRNA被测出来了，...
文章在Measuring the Information Obtained from a Single-Cell Sequencing Experiment,我们主要来看看代码。单细胞测序 (sc-Seq) 实验正在产生越来越大的数据集。 但是,大型数据集不一定包含大量信息。 在这里,引入了一个正式框架,用于评估从 sc-Seq 实验中获得的信息量,该框架可用于整个 sc-Seq 分析流程,包括质量...
在动物研究中,高通量单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)被广泛用于研究细胞间基因表达的异质性、发育过程中细胞谱系的轨迹以及稀有细胞类型的鉴定,但在植物研究中却鲜有报道。 继美国密歇根大学的John Schiefelbein团队率先在 Plant Physiology 杂志发表了利用10X Genomics Chromium平台进行植物单细胞...
这一篇分享一个推断细胞网络的方法,ccNET,文章在Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε−neighborhood network,ccNET是一个高效的 scRNA-seq 分析框架,该框架通过非均匀 ε-邻域 (NEN) 网络一致地完成三个目标。 首先,NEN 方法生成了一个网络,它结合了 k 近邻 (KNN) 和ε-邻域 (...