Single-cell sequencing provides analysis of thousands of individual cells within complex environments, as opposed to traditional bulk sequencing methods that only provide a representative average of all cells. With developments in microfluidics and molecular barcoding, NGS-based technologies have increasingly...
2017年3月,美国俄勒冈的研究人员在Nature Methods上发表“Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing (doi:10.1038/nmeth.4154) ”文章,开发出一种SCI-seq (single-cell combinatorial indexed sequencing,单细胞组合标记测序技术),多次对细胞进行条形码编码标记后对它们进行测序,可以同时构建...
单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。2013年,单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首;2015年再次登上Science...
CellType=cellInfo$SubCluster) saveRDS(cellInfo, file="int/cellInfo.Rds") exprMat<-as.matri...
在单细胞测序的分析中，很重要的一个步骤是鉴定出受影响最为显著的一个细胞亚群。一般会综合考虑组间...
2017年7月,奥地利研究人员在Nature Methods上发表“Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout (doi:10.1038/ nmeth.4227)”文章,创造性地将CRISPR-Cas9和单细胞RNA测序两种极有前景的基因组学领域结合在一起,发明了这种被称作CROP-seq的单细胞测序方法 (CRISPR droplet sequencing, CRISPR液滴测...
本月,美国安德森癌症中心的研究人员在Cell上发表”Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing (doi:10.1016/ 肿瘤细胞往往存在着各不相同的遗传特征,这被称为肿瘤内异质性。它们独特的细胞构成使得治疗变得更加困难。此前的单细胞DNA测序方法已经打开了探索肿瘤细胞的大门,成...
在文章Single-cell RNA sequencing of human kidney中,作者介绍了来自三个人类供体肾脏的23,366个高质量细胞的scRNA-seq数据,并将正常人肾细胞划分为10个clusters。其中,近端肾小管(PT)细胞被分为三个亚型,而集合导管细胞被分为两个亚型。该数据为肾细胞生物学和肾脏疾病的研究提供了可靠的参考。
即使是同一株细胞,百分之30融合率的状态和百分之80融合度的状态可能不一样,为了尽可能得到贴近事实的测序数据,则实验的把控则相当重要。细胞培养尚且算是容易的,动物样本的采集过程中可能会引物非常多的变量。例如:动物死亡后是否能及时取样,不同动物取样时的手法力度是否一样,取样后是否及时进行了下一步操作,操作...
复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step),Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))