单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
正常情况下,大家只需要按需选择10x或者smart-seq2技术平台做单细胞转录组数据即可,如果万一同一时间做了两个技术,有可能是需要整合。恰好看到了2024新鲜出炉的一个文章提到了这一点:《Single-cell RNa-sequencing of virus-specific cellular immune responses in chronic hepatitis B patients》,它使用了Python编程语言的...
这一篇分享一个推断细胞网络的方法,ccNET,文章在Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε−neighborhood network,ccNET是一个高效的 scRNA-seq 分析框架,该框架通过非均匀 ε-邻域 (NEN) 网络一致地完成三个目标。 首先,NEN 方法生成了一个网络,它结合了 k 近邻 (KNN) 和ε-邻域 (...
文章题目:Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 发表期刊:Plant Physiology 影响因子:6.902 发表时间:2019年2月4日 发表单位:美国密歇根大学 单细胞RNA测序(scRNA-seq)已广泛应用于动物细胞异质性的研究,但尚未广泛应用于植物的相关研究,本文是全球首篇植物高通量单细...
开工第一天,开年红包到手,不知道大家工作的怎么样呢??这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析,参考文章在Identify, quantify and characterize cellular communication from single-cell RNA sequencing data with scSeqComm,开年了,新的开始,我们来汇总一下
Ziegenhain, C., et al., Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods. Mol Cell, 2017. 65(4): p. 631-643 e4. Vieth, B., et al., A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines. Na...
文章题目:Single-cell RNA sequencing resolves molecular relationships among individual plant cells 作者:John Schiefelbein 单位:Department of MCDB, University of Michigan 发表期刊:Plant Physiology 中科院分区:1区(2017) 影响因子:5.95(2018) 解读分享
Ziegenhain, C., et al., Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods. Mol Cell, 2017. 65(4): p. 631-643 e4. Vieth, B., et al., A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines. Nat Commun, 2019. 10(1): p. 4667. ...