单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制…
测序得到的原始数据我们称之为Raw reads,之后我们会根据10X Genomics单细胞RNA-Seq独特的文库结构,对Reads的Barcode 、 UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果,进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果,进行KEG...
小果今天介绍单细胞测序平台中最受欢迎的10×genomics的原理。 单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型…
文章题目:Single-cell RNA sequencing resolves molecular relationships among individual plant cells 作者:John Schiefelbein 单位:Department of MCDB, University of Michigan 发表期刊:Plant Physiology 中科院分区:1区(2017) 影响因子:5.95(2018) 解读分享
1. 单细胞RNA测序 (single cell RNA sequencing,以下简称scRNA-seq)数据质控和归一化(Normalization),其实主要是归一化。 次要还涉及了以下问题: 2. 单细胞测序应该测多少深度合适,即测几个G的数据量。 3. 批次效应(batch effect)的问题。 另外,我在另一篇文章中看到的,也很有意思: ...
Single cell RNA-seq data of ESCC with 41,237 cells from PRJNA777911 [29] were selected for the analysis of cell–cell communication and to derive the deconvolution marker gene reference data source. Specifically, 19,882 ESCC primary tumor and 21,355 matched adjacent nonmalignant esophageal cells...
由于真核生物mRNA都有ployA结构,所以理论上mRNA就是10X RNA-seq/ST-seq主要的检测目标。当然,由于只是扩增mRNA 3‘端或者5‘端的一小段用于定量,所以并不能能用于分析可变剪切。 (2)lncRNA 高等生物的LncRNA只有一部分有ployA结构(另外一部分自然没有),因此10X RNA-seq/ST-seq只能检测这些有ployA结构的lncRN...
正常情况下,大家只需要按需选择10x或者smart-seq2技术平台做单细胞转录组数据即可,如果万一同一时间做了两个技术,有可能是需要整合。恰好看到了2024新鲜出炉的一个文章提到了这一点:《Single-cell RNa-sequencing of virus-specific cellular immune responses in chronic hepatitis B patients》,它使用了Python编程语言的...