2023年12月19日,来自美国普莱森顿10x Genomics的科学家团队(10x Genomics, Pleasanton, CA) 和Sarah E. B. Taylo教授课题组在国际知名期刊Nature Communications在线发表题为“High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis”的论文。开发了新型原位...
10X Chromium Single Cell Gene Expression Solution平台的通量高、周期快速、成本低、细胞捕获效率高、性能优势比较明显,并且商业化仪器操作简便;BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System作为更为开放的定制化平台,以及转录组测序与蛋白同时检测的平台,具有检测信息更完善、成本更低的优势,二者均广泛的应用于发育与生殖...
Haghverdi L, et al. Diffusion maps for high-dimensional single-cell analysis of differentiation data. Bioinformatics 31: 2989–2998, 2015. Moignard V, et al. Decoding the regulatory network of early blood development from single-cell gene expression measurements. Nat Biotechnol 33: 269–276, 2015...
1.Estimated Number of Cells：每个样本检测到细胞数目。2.Fraction Reads in cell：细胞中有效的reads占...
高校开学已有些时间,此次BioSciTool更新带来基于10X Genomics测序CellRange输出结果的单细胞常规转录组(SingleCell RNA-Seq)数据分析程序。多个程序主要参考10X Genomics数据格式和Seurat数据分析流程,允许用户执行数据QC、细胞过滤、线粒体基因占比统计、Feature过滤、高变Feature鉴定、PCA分析及JackStraw对PCA的选择、细胞UMA...
利用10x Genomics ChromiumTM平台可轻松研究肿瘤细胞异质性,单个细胞的成本也大大降低。下面,小编就以三个案例来跟大家分享下10x Genomics在肿瘤研究中的应用。 案例一 单细胞转录组揭示肝癌细胞中肿瘤干细胞的异质性 Single‐cell analysis reveals cancer stem c...
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
本研究从7名PCa患者(其中6个局部PCa 样本、1个神经内分泌前列腺癌样本)与1名正常样本,用10x Genomics 单细胞5,转录组学和配对空间转录组学与PCa进展过程中Bulk ATAC-seq染色质可及性的研究,揭示了上皮异质性,并确定了可能导致前列腺癌复发的潜在亚型,探讨了上皮-免疫细胞/间质细胞通讯的影响及关键调控调节途径决定...
Cell Ranger: R Kit 包含上面的3个产品,其中第一个pipeline是用来把上面的fastq测序数据比对到参考基因组,然后定基因表达量的,也就是使用它就可以拿到表达矩阵啦。不过这个pipeline本身又分成3个步骤: 软件下载及安装 这个软件很复杂,https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/...
一个系统,一套工作流程,强大的测序应用 10xGenomics公司推出了新的Chromium™系统。利用上千万独特的DNA序列标记的GEMs,Chromium™系统可揭示重要的基因组信息,进行单细胞测序分析使用。 1、全功能仪器10xChromiumController具有可伸缩的托盘和触屏界面,占用空间极小,不超过1平方英尺,却能够高效的将10万到100万次的...