单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实...
单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060 结果展示 1.V-J paired特征分析 V-J paired直接反应出CDR3或免疫组库的变化,图中横坐标为V Gene,纵坐标为J Gene。颜色越深表示V-...
10x Genomics Chromium GEM-X单细胞解决方案,是基于Chromium X系列仪器,将单细胞基因表达(3’)kit升级为Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression v4,将单细胞免疫组(5’)kit升级为Chromium GEM-X Single Cell Immune Profiling v3,此次试剂的升级,将大幅提升单细胞检测的性能,助力拓展肿瘤、免疫、发育、疾病等...
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
作者利用先进的单细胞RNA测序技术(10x Genomics),对涉及肝癌、胆管癌、胆囊癌等17种癌症的143名患者,共计225个样本中的中性粒细胞进行了系统性研究。这项研究充分利用了自测数据(占79.29%)和公共数据(占20.71%),揭示了肿瘤相关中性粒细胞的多样性和可塑性表型,例如抗原提呈型、促血管新生型和炎症型等。研究发现,...
4.Median UMI count per Cell :每个细胞的中位UMI数 5.Median Genes per Cell：每个细胞检测的基因中...
高校开学已有些时间,此次BioSciTool更新带来基于10X Genomics测序CellRange输出结果的单细胞常规转录组(SingleCell RNA-Seq)数据分析程序。多个程序主要参考10X Genomics数据格式和Seurat数据分析流程,允许用户执行数据QC、细胞过滤、线粒体基因占比统计、Feature过滤、高变Feature鉴定、PCA分析及JackStraw对PCA的选择、细胞UMA...